| 查看: 2582 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
【跪求指教！】NCBI提交编码蛋白的基因序列出现ERROR（有终止密码子） 已有1人参与
|
|||
|
各位大侠各位老师！！！ 第一次提交基因序列， 序列来源为：环境中的原核生物 （对其的一种 functional gene 序列用特定引物扩增而成，理论应为编码蛋白序列，非16S序列）， 结果， 五百多条序列中有一百多条出现error。 系统说是由于 Stop codon '*' is found in the range. 序列中间出现了终止密码子导致无法编码氨基酸序列。 请问： 1. 这种序列中间出现终止密码子的情况是否可以自行分析剔除后上传？ 2. 如果把这一百多条序列以非编码基因上传（不附加CDS特征信息），那么这一百多条序列是否与另外登陆成功的400条有CDS特征信息的序列进行比较并建成一棵系统树？（这一百多条序列与成功的四百条序列在样本来源和操作手法上并没有差异性） 3.编码蛋白的序列中间出现密码子，是否能够代表了测序时的不准确？又或者，有没有可能性是： 这个基因本身多样性较高，从而在一些样本中的一些位点出现了突变？ 4.如果这一百多条“error”序列是代表了测序的偏差或引物二聚体，是否应该干脆把这一百多条序列删除？ 对这个error的处理方法感觉非常难以把握，苦恼多时所以在此诚心求助！ 实验室也没有提交编码序列的先例，恳请各位路过的大侠指导一二，真的不胜感激！ 有提交过functional gene 序列而非16S序列的前辈烦请多多分享经验！先谢过大家！！！！！！！！！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 微生物生态学 |
» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有213人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
6楼2015-09-16 14:00:45
2楼2015-08-14 15:52:35
3楼2015-08-14 17:41:48
4楼2015-08-15 00:18:17
