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潇湘竹泪

铁虫 (初入文坛)

[求助] PCR引物的设计 已有1人参与

我以myc-his-pcDNA3.1(B)为载体,插入目的基因,选择HindⅢ和XbaI 作为酶切位点,位点XbaI 考虑了移码突变,并补上了两个碱基。PCR,酶切,连接之后,双酶切验证和测序结果都是对的。后用western blot 检验相应的蛋白表达,发现目的基因表达,但是标签蛋白检测不到。请各位大神指点,我是不是开始的时候引物就设计错了?据说,XbaI自带终止密码子,但是分析了,它自带的TAG是分散在不同的密码子中的。以下是我的引物设计:
Myc-PINK1 Primer   F: 5'-GGCGGC AAGCTTAT GGCGGTGCGACAGGCGCTG
Myc-PINK1 Primer  R: 5'-GGCGGC TCTAGA CT CAGGGCTGCCCTCCATGAGC
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tolobio

新虫 (小有名气)

西门吹雪170: 屏蔽内容, 禁止发布商业性回帖 2015-10-20 21:08:23
本帖内容被屏蔽

2楼2015-10-19 12:40:44
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
潇湘竹泪: 金币+2, 有帮助 2015-10-20 15:56:00
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-10-20 16:56:40
要把反相引物变成反相互补序列看是否有终止密码子。楼主最好确认一下反相引物中间位置的TCA,变成反相互补序列后成为TGA后的读码。
3楼2015-10-20 07:55:40
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潇湘竹泪

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tolobio at 2015-10-19 12:40:44
最好提供完整序列,这样可以根据引物序列来分析。另外,我们公司也提供质粒构建和W/B的服务,建议关注一下,仅供参考:http://www.tolobio.com/service.php

目的基因完整序列,共有1746个碱基:atggcg gtgcgacagg cgctgggccg
      121 cggcctgcag ctgggtcgag cgctgctgct gcgcttcacg ggcaagcccg gccgggccta
      181 cggcttgggg cggccgggcc cggcggcggg ctgtgtccgc ggggagcgtc caggctgggc
      241 cgcaggaccg ggcgcggagc ctcgcagggt cgggctcggg ctccctaacc gtctccgctt
      301 cttccgccag tcggtggccg ggctggcggc gcggttgcag cggcagttcg tggtgcgggc
      361 ctggggctgc gcgggccctt gcggccgggc agtctttctg gccttcgggc tagggctggg
      421 cctcatcgag gaaaaacagg cggagagccg gcgggcggtc tcggcctgtc aggagatcca
      481 ggcaattttt acccagaaaa gcaagccggg gcctgacccg ttggacacga gacgcttgca
      541 gggctttcgg ctggaggagt atctgatagg gcagtccatt ggtaagggct gcagtgctgc
      601 tgtgtatgaa gccaccatgc ctacattgcc ccagaacctg gaggtgacaa agagcaccgg
      661 gttgcttcca gggagaggcc caggtaccag tgcaccagga gaagggcagg agcgagctcc
      721 gggggcccct gccttcccct tggccatcaa gatgatgtgg aacatctcgg caggttcctc
      781 cagcgaagcc atcttgaaca caatgagcca ggagctggtc ccagcgagcc gagtggcctt
      841 ggctggggag tatggagcag tcacttacag aaaatccaag agaggtccca agcaactagc
      901 ccctcacccc aacatcatcc gggttctccg cgccttcacc tcttccgtgc cgctgctgcc
      961 aggggccctg gtcgactacc ctgatgtgct gccctcacgc ctccaccctg aaggcctggg
     1021 ccatggccgg acgctgttcc tcgttatgaa gaactatccc tgtaccctgc gccagtacct
     1081 ttgtgtgaac acacccagcc cccgcctcgc cgccatgatg ctgctgcagc tgctggaagg
     1141 cgtggaccat ctggttcaac agggcatcgc gcacagagac ctgaaatccg acaacatcct
     1201 tgtggagctg gacccagacg gctgcccctg gctggtgatc gcagattttg gctgctgcct
     1261 ggctgatgag agcatcggcc tgcagttgcc cttcagcagc tggtacgtgg atcggggcgg
     1321 aaacggctgt ctgatggccc cagaggtgtc cacggcccgt cctggcccca gggcagtgat
     1381 tgactacagc aaggctgatg cctgggcagt gggagccatc gcctatgaaa tcttcgggct
     1441 tgtcaatccc ttctacggcc agggcaaggc ccaccttgaa agccgcagct accaagaggc
     1501 tcagctacct gcactgcccg agtcagtgcc tccagacgtg agacagttgg tgagggcact
     1561 gctccagcga gaggccagca agagaccatc tgcccgagta gccgcaaatg tgcttcatct
     1621 aagcctctgg ggtgaacata ttctagccct gaagaatctg aagttagaca agatggttgg
     1681 ctggctcctc caacaatcgg ccgccacttt gttggccaac aggctcacag agaagtgttg
     1741 tgtggaaaca aaaatgaaga tgctctttct ggctaacctg gagtgtgaaa cgctctgcca
     1801 ggcagccctc ctcctctgct catggagggc agccctgtga
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4楼2015-10-20 15:47:02
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潇湘竹泪

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2015-10-20 07:55:40
要把反相引物变成反相互补序列看是否有终止密码子。楼主最好确认一下反相引物中间位置的TCA,变成反相互补序列后成为TGA后的读码。

确认过,反向互补序列TGA不属于同一个密码子,反向测序结果显示,CTG  AGT
PCR引物的设计
QQ截图20151020155250.png

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5楼2015-10-20 15:55:15
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潇湘竹泪

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2015-10-20 07:55:40
要把反相引物变成反相互补序列看是否有终止密码子。楼主最好确认一下反相引物中间位置的TCA,变成反相互补序列后成为TGA后的读码。

在反向引物的设计中,我选择的XbaI 存在移码问题,所以我又补了两个碱基CT。其中CTG是目的基因除去终止密码的最尾端的三个碱基。AG是我补的碱基CT的反向互补序列
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6楼2015-10-20 16:02:18
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 潇湘竹泪 at 2015-10-20 16:02:18
在反向引物的设计中,我选择的XbaI 存在移码问题,所以我又补了两个碱基CT。其中CTG是目的基因除去终止密码的最尾端的三个碱基。AG是我补的碱基CT的反向互补序列...

有没有可能在目的基因中有单个的移码。如果质粒没有问题,那这是不是原核表达真核基因,由于稀有密码子导致翻译中断了。我只是猜测!
7楼2015-10-20 16:57:50
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tolobio

新虫 (小有名气)

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nono2009: 金币-20, 屏蔽内容, 违规存档, 禁止回帖广告 2015-10-25 10:09:45
本帖内容被屏蔽

8楼2015-10-20 19:55:38
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潇湘竹泪

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by tolobio at 2015-10-20 19:55:38
貌似有移码突变。
原来的顺序是:CCA AGC TTT;你现在变成了AAGCTTATG=AGC TTA TG
无法从ATG的位置开始翻译。往后移一位吧。
或者,干脆找公司做就行乐。速度又快,价格还便宜,还能省下很多时间看文献。很多人 ...

AAGCTT是HindⅢ的酶切位点,前面设计的GGCGGC是酶切位点保护碱基,能确认ATG没有发生移码突变。现在在改进实验方案,实在不行再考虑。谢谢!
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9楼2015-10-22 13:10:38
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