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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 有碰到相同情况的虫友 求指教
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megan92

新虫 (初入文坛)

[求助] 有碰到相同情况的虫友 求指教 已有1人参与

用普通的Taq酶扩增，模板没有问题第一次扩增出来了，这次又p了一次，50ul的体系P了7个，模板浓度100ug/ul加了2ul，目的条带为503bp。
   结果很奇怪P完跑胶，第一个为2KPlus的mark，后面7个为我的样。可是6个都没有跑动全部卡到上样口，只有一个跑出来，大小也很准，为什么会出现这种情况，如果是引物问题，那为什么有一个可以跑出来了？求大神指教

有碰到相同情况的虫友 求指教
20151009.503.jpg
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1楼 2015-10-12 16:51:59
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生工渣渣

新虫 (正式写手)
我之前遇到过全部在浓缩胶没跑开的情况，像这种跑一条出来还真没见过

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2楼2015-10-12 17:14:22
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517_

木虫 (小有名气)
没遇到过这种情况，重新配胶，把梳子洗干净，换新的缓冲液试试

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3楼2015-10-12 19:52:43
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wangyao897

铁杆木虫 (正式写手)
楼主最好标注Marker

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4楼2015-10-12 20:00:55
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鹄的什么的

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
个人认为，问题不在于没有PCR产物，只是PCR产物里面混的有蛋白质之类的东西，造成了凝胶阻滞，影响了核酸的电泳行为。maker能够跑开说明TAE或者TBE没有问题，如果能够排除loading buffer的问题的话，应该是你的PCR体系构建的有问题，（比如taq过量）或者大剂量的PCR产物长时间低温保存造成的部分碱基对紊乱，前者请自行摸索条件，后者在上样前56℃水浴2-3min即可。
P.S.你确定你的模板是100ug/uL？？？即使拿基因组当模板，一般加100-200ng已经是上限了
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5楼2015-10-12 22:52:12
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