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megan92

新虫 (初入文坛)

[求助] 有碰到相同情况的虫友 求指教 已有1人参与

用普通的Taq酶扩增,模板没有问题第一次扩增出来了,这次又p了一次,50ul的体系P了7个,模板浓度100ug/ul加了2ul,目的条带为503bp。
   结果很奇怪P完跑胶,第一个为2KPlus的mark,后面7个为我的样。可是6个都没有跑动全部卡到上样口,只有一个跑出来,大小也很准,为什么会出现这种情况,如果是引物问题,那为什么有一个可以跑出来了?求大神指教

有碰到相同情况的虫友 求指教
20151009.503.jpg
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生工渣渣

新虫 (正式写手)

我之前遇到过全部在浓缩胶没跑开的情况,像这种跑一条出来还真没见过

发自小木虫Android客户端
2楼2015-10-12 17:14:22
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517_

木虫 (小有名气)

没遇到过这种情况,重新配胶,把梳子洗干净,换新的缓冲液试试

发自小木虫IOS客户端
3楼2015-10-12 19:52:43
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wangyao897

铁杆木虫 (正式写手)

4楼2015-10-12 20:00:55
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鹄的什么的

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
个人认为,问题不在于没有PCR产物,只是PCR产物里面混的有蛋白质之类的东西,造成了凝胶阻滞,影响了核酸的电泳行为。maker能够跑开说明TAE或者TBE没有问题,如果能够排除loading buffer的问题的话,应该是你的PCR体系构建的有问题,(比如taq过量)或者大剂量的PCR产物长时间低温保存造成的部分碱基对紊乱,前者请自行摸索条件,后者在上样前56℃水浴2-3min即可。
P.S.你确定你的模板是100ug/uL???即使拿基因组当模板,一般加100-200ng已经是上限了
5楼2015-10-12 22:52:12
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