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chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] [求助] 分子动力学模拟问题

在文献中经常看到“MD模拟400ps,前100ps使体系达到平衡,后300ps用于统计计算各种性质“,有点不太理解,特别是“后300ps用于统计计算各种性质“,是怎么实现的?我所用的MS软件。望各位高手多多指点,在下不胜感激!
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h1h2x3

铜虫 (小有名气)


jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论!
我不知道你是不是用ms做的,是discover吗?
据我所知discover里面是不分模拟时间和平衡时间的,他只能从0时刻开始,每隔一段时间输出一个frame,做平均的话最好把frame的间隔取得密一点,但这样会带来一个问题,就是前面的100ps是不需要的数据,但它也被以较快的频率连续输出,浪费时间和磁盘,所以应该先让系统跑100ps(虽然我认为这对一个系统的平衡是不够的,一般要300ps),等它结束以后,用restart功能再跑300ps,以较快的频率输出frame用于求平均值
7楼2008-09-14 13:44:21
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yma

木虫 (正式写手)

★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):3Q
这个不难啊。比如计算能量,只取后面300ps的求平均就完了。
时间步长、总的模拟时间(步数)、平衡时间(步数)都在输入参数给定。一般取平衡时间为总时间的1/3。
2楼2008-09-02 19:51:24
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chunwang

铜虫 (小有名气)

非常谢谢你,yma.
我正在计算溶剂和晶面的相互作用,我是通过MD获得最低能量结构,然后计算相互作用能,没有求平均,这样做也可以吧?
3楼2008-09-03 10:23:54
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yma

木虫 (正式写手)

MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面,你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。
4楼2008-09-03 11:52:55
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