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chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] [求助] 分子动力学模拟问题

在文献中经常看到“MD模拟400ps,前100ps使体系达到平衡,后300ps用于统计计算各种性质“,有点不太理解,特别是“后300ps用于统计计算各种性质“,是怎么实现的?我所用的MS软件。望各位高手多多指点,在下不胜感激!
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yma

木虫 (正式写手)

MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面,你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。
4楼2008-09-03 11:52:55
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yma

木虫 (正式写手)

★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):3Q
这个不难啊。比如计算能量,只取后面300ps的求平均就完了。
时间步长、总的模拟时间(步数)、平衡时间(步数)都在输入参数给定。一般取平衡时间为总时间的1/3。
2楼2008-09-02 19:51:24
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chunwang

铜虫 (小有名气)

非常谢谢你,yma.
我正在计算溶剂和晶面的相互作用,我是通过MD获得最低能量结构,然后计算相互作用能,没有求平均,这样做也可以吧?
3楼2008-09-03 10:23:54
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polestar007

至尊木虫 (职业作家)

能介绍一下怎么求平均么?
引用回帖:
Originally posted by yma at 2008-9-3 11:52:
MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面,你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。

匏土革,木石金。丝与竹,乃八音。
5楼2008-09-03 13:06:42
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