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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » [求助] 分子动力学模拟问题
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chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] [求助] 分子动力学模拟问题

在文献中经常看到“MD模拟400ps，前100ps使体系达到平衡，后300ps用于统计计算各种性质“，有点不太理解，特别是“后300ps用于统计计算各种性质“，是怎么实现的？我所用的MS软件。望各位高手多多指点，在下不胜感激！
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1楼 2008-09-02 19:30:31
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yma

木虫 (正式写手)
★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):3Q
这个不难啊。比如计算能量，只取后面300ps的求平均就完了。
时间步长、总的模拟时间（步数）、平衡时间（步数）都在输入参数给定。一般取平衡时间为总时间的1/3。
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2楼2008-09-02 19:51:24
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chunwang

铜虫 (小有名气)
非常谢谢你，yma.
我正在计算溶剂和晶面的相互作用，我是通过MD获得最低能量结构，然后计算相互作用能，没有求平均，这样做也可以吧？
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3楼2008-09-03 10:23:54
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yma

木虫 (正式写手)
MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面，你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。
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4楼2008-09-03 11:52:55
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polestar007

至尊木虫 (职业作家)
能介绍一下怎么求平均么？
引用回帖:
Originally posted by yma at 2008-9-3 11:52:
MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面，你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。

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匏土革，木石金。丝与竹，乃八音。
5楼2008-09-03 13:06:42
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saitou

木虫 (正式写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论！
MD只取最低点是不是有点跑题啊

平均我理解就是取样点的数据做统计，怎么做是数学问题。取样点可以设计，物理量事先定好（结构的）或事后计算（能量的），大概就是这样了
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不抛弃，不放弃
6楼2008-09-04 13:29:07
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h1h2x3

铜虫 (小有名气)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论！
我不知道你是不是用ms做的，是discover吗？
据我所知discover里面是不分模拟时间和平衡时间的，他只能从0时刻开始，每隔一段时间输出一个frame，做平均的话最好把frame的间隔取得密一点，但这样会带来一个问题，就是前面的100ps是不需要的数据，但它也被以较快的频率连续输出，浪费时间和磁盘，所以应该先让系统跑100ps（虽然我认为这对一个系统的平衡是不够的，一般要300ps），等它结束以后，用restart功能再跑300ps，以较快的频率输出frame用于求平均值
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7楼2008-09-14 13:44:21
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limingscu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by h1h2x3 at 2008-9-14 13:44:
我不知道你是不是用ms做的，是discover吗？
据我所知discover里面是不分模拟时间和平衡时间的，他只能从0时刻开始，每隔一段时间输出一个frame，做平均的话最好把frame的间隔取得密一点，但这样会带来一个问题， ...

对的 可能要根据体系大小和组成来看吧 模拟的平衡要自己去判断的
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8楼2008-09-18 13:50:41
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chunwang

铜虫 (小有名气)
谢谢h1h2x3！我是用discover来做的，我是先跑一段时间使体系达到平衡，仅保存final structure, 然后再以final structure作为起始结构，运行一段时间保存轨迹做平均，这样也可以吗？
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9楼2008-09-19 12:18:26
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