24小时热门版块排行榜    

查看: 1153  |  回复: 8
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] [求助] 分子动力学模拟问题

在文献中经常看到“MD模拟400ps,前100ps使体系达到平衡,后300ps用于统计计算各种性质“,有点不太理解,特别是“后300ps用于统计计算各种性质“,是怎么实现的?我所用的MS软件。望各位高手多多指点,在下不胜感激!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chunwang

铜虫 (小有名气)

非常谢谢你,yma.
我正在计算溶剂和晶面的相互作用,我是通过MD获得最低能量结构,然后计算相互作用能,没有求平均,这样做也可以吧?
3楼2008-09-03 10:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

yma

木虫 (正式写手)

★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):3Q
这个不难啊。比如计算能量,只取后面300ps的求平均就完了。
时间步长、总的模拟时间(步数)、平衡时间(步数)都在输入参数给定。一般取平衡时间为总时间的1/3。
2楼2008-09-02 19:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yma

木虫 (正式写手)

MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面,你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。
4楼2008-09-03 11:52:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polestar007

至尊木虫 (职业作家)

能介绍一下怎么求平均么?
引用回帖:
Originally posted by yma at 2008-9-3 11:52:
MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面,你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。

匏土革,木石金。丝与竹,乃八音。
5楼2008-09-03 13:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 7lpolszZVXgi 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:08 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:52 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 7/350 2026-08-15 00:40 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +23 医学老男孩 2026-08-13 49/2450 2026-08-14 20:02 by zhaifei
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[基金申请] 好奇怪的filecode +6 布布和一二 2026-08-08 7/350 2026-08-14 13:38 by Equinoxhua
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +10 Tide man 2026-08-10 11/550 2026-08-14 10:30 by 沁言学术
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
信息提示
请填处理意见