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chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] [求助] 分子动力学模拟问题

在文献中经常看到“MD模拟400ps,前100ps使体系达到平衡,后300ps用于统计计算各种性质“,有点不太理解,特别是“后300ps用于统计计算各种性质“,是怎么实现的?我所用的MS软件。望各位高手多多指点,在下不胜感激!
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yma

木虫 (正式写手)

★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):3Q
这个不难啊。比如计算能量,只取后面300ps的求平均就完了。
时间步长、总的模拟时间(步数)、平衡时间(步数)都在输入参数给定。一般取平衡时间为总时间的1/3。
2楼2008-09-02 19:51:24
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chunwang

铜虫 (小有名气)

非常谢谢你,yma.
我正在计算溶剂和晶面的相互作用,我是通过MD获得最低能量结构,然后计算相互作用能,没有求平均,这样做也可以吧?
3楼2008-09-03 10:23:54
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yma

木虫 (正式写手)

MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面,你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。
4楼2008-09-03 11:52:55
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polestar007

至尊木虫 (职业作家)

能介绍一下怎么求平均么?
引用回帖:
Originally posted by yma at 2008-9-3 11:52:
MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面,你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。

匏土革,木石金。丝与竹,乃八音。
5楼2008-09-03 13:06:42
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saitou

木虫 (正式写手)


jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论!
MD只取最低点是不是有点跑题啊

平均我理解就是取样点的数据做统计,怎么做是数学问题。取样点可以设计,物理量事先定好(结构的)或事后计算(能量的),大概就是这样了
不抛弃,不放弃
6楼2008-09-04 13:29:07
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h1h2x3

铜虫 (小有名气)


jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论!
我不知道你是不是用ms做的,是discover吗?
据我所知discover里面是不分模拟时间和平衡时间的,他只能从0时刻开始,每隔一段时间输出一个frame,做平均的话最好把frame的间隔取得密一点,但这样会带来一个问题,就是前面的100ps是不需要的数据,但它也被以较快的频率连续输出,浪费时间和磁盘,所以应该先让系统跑100ps(虽然我认为这对一个系统的平衡是不够的,一般要300ps),等它结束以后,用restart功能再跑300ps,以较快的频率输出frame用于求平均值
7楼2008-09-14 13:44:21
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limingscu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by h1h2x3 at 2008-9-14 13:44:
我不知道你是不是用ms做的,是discover吗?
据我所知discover里面是不分模拟时间和平衡时间的,他只能从0时刻开始,每隔一段时间输出一个frame,做平均的话最好把frame的间隔取得密一点,但这样会带来一个问题, ...

对的 可能要根据体系大小和组成来看吧 模拟的平衡要自己去判断的
8楼2008-09-18 13:50:41
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chunwang

铜虫 (小有名气)

谢谢h1h2x3!我是用discover来做的,我是先跑一段时间使体系达到平衡,仅保存final structure, 然后再以final structure作为起始结构,运行一段时间保存轨迹做平均,这样也可以吗?
9楼2008-09-19 12:18:26
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