应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » [求助] 分子动力学模拟问题
91/1返回列表
查看: 1008  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] [求助] 分子动力学模拟问题

在文献中经常看到“MD模拟400ps，前100ps使体系达到平衡，后300ps用于统计计算各种性质“，有点不太理解，特别是“后300ps用于统计计算各种性质“，是怎么实现的？我所用的MS软件。望各位高手多多指点，在下不胜感激！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2008-09-02 19:30:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yma

木虫 (正式写手)
★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):3Q
这个不难啊。比如计算能量，只取后面300ps的求平均就完了。
时间步长、总的模拟时间（步数）、平衡时间（步数）都在输入参数给定。一般取平衡时间为总时间的1/3。
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-09-02 19:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chunwang

铜虫 (小有名气)
非常谢谢你，yma.
我正在计算溶剂和晶面的相互作用，我是通过MD获得最低能量结构，然后计算相互作用能，没有求平均，这样做也可以吧？
赞一下 回复此楼
3楼2008-09-03 10:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yma

木虫 (正式写手)
MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面，你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。
赞一下 回复此楼
4楼2008-09-03 11:52:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polestar007

至尊木虫 (职业作家)
能介绍一下怎么求平均么？
引用回帖:
Originally posted by yma at 2008-9-3 11:52:
MD不一定能得到最低能量结构阿。特别是做界面，你的初始结构可能离最低能量结构比较远。考虑做一下energy minimization。

赞一下 回复此楼
匏土革，木石金。丝与竹，乃八音。
5楼2008-09-03 13:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saitou

木虫 (正式写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论！
MD只取最低点是不是有点跑题啊

平均我理解就是取样点的数据做统计，怎么做是数学问题。取样点可以设计，物理量事先定好（结构的）或事后计算（能量的），大概就是这样了
赞一下(10人) 回复此楼
不抛弃，不放弃
6楼2008-09-04 13:29:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

h1h2x3

铜虫 (小有名气)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论！
我不知道你是不是用ms做的，是discover吗？
据我所知discover里面是不分模拟时间和平衡时间的，他只能从0时刻开始，每隔一段时间输出一个frame，做平均的话最好把frame的间隔取得密一点，但这样会带来一个问题，就是前面的100ps是不需要的数据，但它也被以较快的频率连续输出，浪费时间和磁盘，所以应该先让系统跑100ps（虽然我认为这对一个系统的平衡是不够的，一般要300ps），等它结束以后，用restart功能再跑300ps，以较快的频率输出frame用于求平均值
赞一下(10人) 回复此楼
7楼2008-09-14 13:44:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limingscu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by h1h2x3 at 2008-9-14 13:44:
我不知道你是不是用ms做的，是discover吗？
据我所知discover里面是不分模拟时间和平衡时间的，他只能从0时刻开始，每隔一段时间输出一个frame，做平均的话最好把frame的间隔取得密一点，但这样会带来一个问题， ...

对的 可能要根据体系大小和组成来看吧 模拟的平衡要自己去判断的
赞一下 回复此楼
8楼2008-09-18 13:50:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chunwang

铜虫 (小有名气)
谢谢h1h2x3！我是用discover来做的，我是先跑一段时间使体系达到平衡，仅保存final structure, 然后再以final structure作为起始结构，运行一段时间保存轨迹做平均，这样也可以吗？
赞一下 回复此楼
9楼2008-09-19 12:18:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chunwang 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 287求调剂 +13 Fnhc 2026-04-07 19/950 2026-04-10 10:25 by LHGeng
[考研] 297求调剂 +27 GENJIOW 2026-04-07 30/1500 2026-04-09 23:20 by wolf97
[考研] 269求调剂 +7 跪求收留。 2026-04-04 7/350 2026-04-09 19:06 by 探123
[考研] 材料工程调剂 +12 小刘同学吖吖 2026-04-06 13/650 2026-04-09 17:07 by luoyongfeng
[考研] 085600材料与化工，求调剂 +11 won_qii 2026-04-07 11/550 2026-04-09 17:03 by luoyongfeng
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-08 12/600 2026-04-09 14:27 by rl1980
[考研] 0860004 求调剂 309分 +7 Yin DY 2026-04-08 7/350 2026-04-09 14:06 by ditto77778
[考研] 材料调剂 +14 一样YWY 2026-04-05 15/750 2026-04-09 13:36 by 故人??
[考研] 材料334求调剂 +21 Eecho# 2026-04-03 21/1050 2026-04-08 22:55 by 猪会飞
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +10 vants 2026-04-05 11/550 2026-04-08 16:02 by screening
[考研] 071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂 +12 TIckLw 2026-04-06 13/650 2026-04-07 20:34 by lijunpoly
[考研] 本科生物信息学，总分362 求07 08调剂 +6 q小倩1210 2026-04-06 6/300 2026-04-07 19:40 by macy2011
[考研] 材料求调剂 +18 一样YWY 2026-04-05 18/900 2026-04-07 15:49 by dxlg
[考研] 286求调剂 +20 Faune 2026-04-06 20/1000 2026-04-07 11:33 by 诗与自由
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +10 cs0106 2026-04-05 12/600 2026-04-06 19:41 by 无际的草原
[考研] 生物与医药求调剂 +7 heguanhua 2026-04-05 8/400 2026-04-06 18:41 by macy2011
[考研] 化学357分，考研调剂 +11 .Starry. 2026-04-04 12/600 2026-04-06 06:28 by houyaoxu
[考研] 272求调剂 +4 电气李 2026-04-05 4/200 2026-04-05 10:41 by lbsjt
[考研] 一志愿东北大学085901土木专硕345求调剂 +3 zxt11111 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:21 by 土木硕士招生
[考研] 材料专业383求调剂 +8 郭阳阳阳成 2026-04-03 8/400 2026-04-04 10:29 by Rednal.
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭