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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】溶剂化’有质子转移的过渡态寻找出错
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ccc13

[交流] 【求助】溶剂化’有质子转移的过渡态寻找出错

溶剂化效应计算时 多次出现类似的情况，请前辈们帮忙看看是什么毛病。谢谢！

输入命令（溶剂化效应下找过渡态）：
%chk=402ts.chk
%rwf=x1,200MW,x2,200MW,x3,200MW,x4,200MW,x5,200MW,x6,200MW,x7,-1
%mem=500mb
%nproc=1
# Opt(QST3,Noeigen,maxcycle=1000) B3LYP/6-31+g(d,p) pop=nbo freq scrf=(IEFPCM,read,solvent=water)
……（下面是产物、反映物、过渡态的分子信息）（用过这组命令曾经计算出过过渡态）

输出文件最后部分：
United Atom Topological Model (UA0  parameters set).
UA0: Hydrogen   13 is unbound. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.
Error termination via Lnk1e in e:\g03\l301.exe at Wed Jan 01 12:43:01 2003.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 10.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1338 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


ps:真空状态下能算下去。

我比较了一下用同一行命令，那个曾经算出来的和这些算不出来的区别是：算不出来的共同点是在溶剂化效应下找过渡态都有质子氢的转移，出来结果的没有质子氢转移。而且out文件中也说“UA0: Hydrogen   13 is unbound. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.”其中H13就是转移的质子。
请问能不能给指导一下，该怎样修改才能往下算。心切啊。谢谢啦！！！
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1楼 2008-09-02 09:09:32
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tutu2000

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
spur(金币+3,VIP+0):感谢帮助！欢迎常来！
结果可靠不可靠，要依据实验数据，理论计算本就用很多基组与方法的选择问题，这方面要多看文献才能了解，一般来说可以这样进行能量的比较：
△Gsol(溶液条件下的相关能）＝△E（真空条件下总能量）＋△E0（零点能）＋△G‘sol（溶剂化能）
我以前做过一些溶剂条件下的优化，高斯的PCM模型并不是一个好的选择，（QM/MM应该是不错的方法）只是能提供一个估计的溶剂化能，对于过渡态而言，你这样想和这样做无可厚非，但并不是说这样就可得出一个可靠的结果，还是要以实验与文献为依据才行，理论计算如果不能说明实验，是没有意义的，如果你一定要在溶剂条件下优化的话，频率计算一定要分开，这在真空条件下可行，但在溶剂条件下是要出错的。
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10楼2008-09-13 17:32:16
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ccc13

似乎解决了一小点问题，贴出来请大家在此基础上给指导一下

  对某氢原子不同其他原子成键的结构，例如质子转移反应的过渡态，UA0模型将无法构建空穴。此时可以使用Gaussian 03的SPHEREONH=N关键字在该氢原子中心处添加球体，N为输入文件中该原子在原子列表中的序数。这个关键字应该是文件末尾一个空行之后另起一行输入。
   感谢大话西游中的“fado"大侠


    我这样做了，优化能算一圈了，出了四个“NO"以后，再进行下一轮计算又出现了楼上一样的错误。也就是只起了一次作用。哎，愁死了

[ Last edited by ccc13 on 2008-9-11 at 19:09 ]
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2楼2008-09-05 08:58:02
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alick1102

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ccc13 at 2008-9-2 09:09:
溶剂化效应计算时 多次出现类似的情况，请前辈们帮忙看看是什么毛病。谢谢！

输入命令（溶剂化效应下找过渡态）：
%chk=402ts.chk
%rwf=x1,200MW,x2,200MW,x3,200MW,x4,200MW,x5,200MW,x6,200MW,x7,-1
%mem ...

为什么用闭壳层方法优化过渡态？ 一般都要用开窍层方法的。
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到了博士的时候才知道，科学也不过是为了吃饭的。
3楼2008-09-05 09:44:07
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我不是马甲！

木虫 (小有名气)
请问一下楼上的，计算TS，都要用开壳层吗？
对这个问题一直很困惑，搜了很多这方面的帖子，有的用闭壳层，有的用开壳层。真不知按哪个做好。
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4楼2008-09-05 23:50:26
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tutu2000

金虫 (正式写手)
对于HF/6-31G(d)理论级别优化的原子半径，一般用UAHF模型创建空穴。
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5楼2008-09-08 21:37:57
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ccc13

引用回帖:
Originally posted by tutu2000 at 2008-9-8 21:37:
对于HF/6-31G(d)理论级别优化的原子半径，一般用UAHF模型创建空穴。

我用的是B3LYP
请问什么是优化原子半径，跟寻找过渡态有关吗？应该如何用UAHF模型创建空穴，具体命令应该怎样书写？
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6楼2008-09-11 19:04:21
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ccc13

引用回帖:
Originally posted by alick1102 at 2008-9-5 09:44:

为什么用闭壳层方法优化过渡态？ 一般都要用开窍层方法的。

我试过了，不是开闭壳层的原因。
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7楼2008-09-11 19:10:22
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tutu2000

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):谢谢！
ccc13(金币+3,VIP+0):非常感谢你的指导！！还有一些关于溶剂化方面的问题需要请教、、、我的qq:276156301
在输入文件最后加上以下二行：
scfvac
radii=uahf

另：为什么一定要在溶剂条件下优化结构呢，这样很容易出错，一般在真空条件下优化后，只需计算加溶剂条件的单点能就可以了

[ Last edited by tutu2000 on 2008-9-11 at 19:24 ]
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8楼2008-09-11 19:20:12
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ccc13

引用回帖:
Originally posted by tutu2000 at 2008-9-11 19:20:
在输入文件最后加上以下二行：
scfvac
radii=uahf

另：为什么一定要在溶剂条件下优化结构呢，这样很容易出错，一般在真空条件下优化后，只需计算加溶剂条件的单点能就可以了

[ Last edited by tutu2000  ...

再次请教：如果只计算真空条件下的优化，再在溶剂化下算单点能，那单点能零点能校正怎么办呢，用真空下算出来的那个单点能？
      那这样算出来的结果可靠吗，我想毕竟不全是在溶剂下得出的结果。在这方面很多困惑、、、谢谢啦

[ Last edited by ccc13 on 2008-9-12 at 09:38 ]
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9楼2008-09-12 09:36:47
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