24小时热门版块排行榜    

查看: 1426  |  回复: 11
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

ccc13

[交流] 【求助】溶剂化’有质子转移的过渡态寻找出错

溶剂化效应计算时 多次出现类似的情况,请前辈们帮忙看看是什么毛病。谢谢!

输入命令(溶剂化效应下找过渡态):
%chk=402ts.chk
%rwf=x1,200MW,x2,200MW,x3,200MW,x4,200MW,x5,200MW,x6,200MW,x7,-1
%mem=500mb
%nproc=1
# Opt(QST3,Noeigen,maxcycle=1000) B3LYP/6-31+g(d,p) pop=nbo freq scrf=(IEFPCM,read,solvent=water)
……(下面是产物、反映物、过渡态的分子信息)(用过这组命令曾经计算出过过渡态)

输出文件最后部分:
United Atom Topological Model (UA0  parameters set).
UA0: Hydrogen   13 is unbound. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.
Error termination via Lnk1e in e:\g03\l301.exe at Wed Jan 01 12:43:01 2003.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 10.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1338 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


ps:真空状态下能算下去。

我比较了一下用同一行命令,那个曾经算出来的和这些算不出来的区别是:算不出来的共同点是在溶剂化效应下找过渡态都有质子氢的转移,出来结果的没有质子氢转移。而且out文件中也说“UA0: Hydrogen   13 is unbound. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.”其中H13就是转移的质子。
请问能不能给指导一下,该怎样修改才能往下算。心切啊。谢谢啦!!!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccc13

引用回帖:
Originally posted by alick1102 at 2008-9-5 09:44:

为什么用闭壳层方法优化过渡态? 一般都要用开窍层方法的。

我试过了,不是开闭壳层的原因。
7楼2008-09-11 19:10:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

ccc13

似乎解决了一小点问题,贴出来请大家在此基础上给指导一下

  对某氢原子不同其他原子成键的结构,例如质子转移反应的过渡态,UA0模型将无法构建空穴。此时可以使用Gaussian 03的SPHEREONH=N关键字在该氢原子中心处添加球体,N为输入文件中该原子在原子列表中的序数。这个关键字应该是文件末尾一个空行之后另起一行输入。
   感谢大话西游中的“fado"大侠


    我这样做了,优化能算一圈了,出了四个“NO"以后,再进行下一轮计算又出现了楼上一样的错误。也就是只起了一次作用。哎,愁死了

[ Last edited by ccc13 on 2008-9-11 at 19:09 ]
2楼2008-09-05 08:58:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alick1102

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by ccc13 at 2008-9-2 09:09:
溶剂化效应计算时 多次出现类似的情况,请前辈们帮忙看看是什么毛病。谢谢!

输入命令(溶剂化效应下找过渡态):
%chk=402ts.chk
%rwf=x1,200MW,x2,200MW,x3,200MW,x4,200MW,x5,200MW,x6,200MW,x7,-1
%mem ...

为什么用闭壳层方法优化过渡态? 一般都要用开窍层方法的。
到了博士的时候才知道,科学也不过是为了吃饭的。
3楼2008-09-05 09:44:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我不是马甲!

木虫 (小有名气)

请问一下楼上的,计算TS,都要用开壳层吗?
对这个问题一直很困惑,搜了很多这方面的帖子,有的用闭壳层,有的用开壳层。真不知按哪个做好。
4楼2008-09-05 23:50:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:49 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:25 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 16:25 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:00 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:13 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:01 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:00 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神:2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀? +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 10:11 by 23jxep3nCNZb
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 10:01 by 23jxep3nCNZb
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
[有机交流] 科研求助 10+4 我吃一只鱼 2026-09-07 4/200 2026-09-10 08:32 by 0940628
信息提示
请填处理意见