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yang-1166

[交流] 请高手指点为什么我这个基因转不进去

大家好,我实验上出了个问题困扰很久,请高手出来指点一下。我试验上要转一个扩增出来的大小8000左右bp的片段到promega 的pGEM-T Easy载体上,扩增出来很清晰,切胶回收也很清晰,酶连用的是promega的连接酶,连接过夜,做转化蓝白斑也长出很多白斑,可是筛选出的质粒大小都不对,切出来的片段才1000bp左右,做了很久都是这样,我都重复n次了,一直不明白原来的片段连不上也算了,连上的1000bp的片段是哪里来的?
我相同的实验步骤连接2000bp的都成功了,就是这个大点儿的片段一直连不上去,有时候明明看很多白斑可筛选出来都不对,真是郁闷,请高手指点一下,不胜感激
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yat

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+4,VIP+0):thx
用特异引物做PCR鉴定过吗?如果没做可以补一个PCR鉴定实验。
质粒大小从电泳图上看确实会有很大的变化。有一次我的重组质粒应该是10KB大小,可跑出来有20KB的样子。再做酶切验证结果是对的。
酶切验证不对是不是因为你所P的片段有多个相同酶切位点导致出现1000bp的条带。不知道你的酶切验证图上有几条带亮度怎么样。传个图片看看吧。
做最好的自己,永不放弃!
2楼2008-08-30 20:41:00
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yang-1166

我现在手头没有现成的图,不过跑出来只有两条带,一条是3000bp 就是那个载体的,一条就是1000bp的,也不是非常亮,还没有载体那条亮哪,我连进去的是8000左右的片段,出现八条1000bp的片段,,也太巧合了吧,谢谢楼上的好人
3楼2008-08-30 20:53:36
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snzydong

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):thx
酶切有时也不是很准确的 我有的载体酶切就切不下来 结果测序就是对的 你可以用特异引物 做PCR鉴定
4楼2008-08-31 11:28:18
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lipishun

金虫 (小有名气)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):thx
你用的酶在你目的片段上切割位点吗?说不定是3000×2+1000×2=8000也不一定啊
哈哈!
可以用M13引物PCR,如果出来8000的带就可以了!
一般T载体链接8000的片段,效率效率相当低!
而且切胶回收的时候,大片段往往还有小的片段!
5楼2008-08-31 13:14:31
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yang-1166

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0): 鼓励一下
楼上的这位想法很有意义,我真还没有想过这个。不过我质粒提出来就很小啊,现在我都是提完质粒看一下大小就扔了,我那个载体3000多,基因8000,加起来怎么也要上万,可是质粒才5000多,所以我分析还是出现碎片了,毕竟是个大片段,
回收时我已经尽量小心了,回收后跑胶也只有一条带,所以就算有断裂的也不多,可是,载体一定都优先和那些小的结合了,弃我的大的不顾,好郁闷啊好郁闷,大家有什么好办法吗?我老板说做pcr 测定不准确
6楼2008-09-01 21:56:38
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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

虫眼看世界

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):斑斑捧场,蓬荜生辉。
像pGEM-T Easy这样的载体装入8000bps的片段的确太大了,呵呵
质粒一般会通过重组等方式切去部分的插入片段,这就是你的转化出来的质粒往往很小。换个载体吧,8k有些困难的。
位卑未敢忘忧国。
7楼2008-09-02 08:51:11
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shs304

金虫 (正式写手)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0): 鼓励一下
那个载体3000多,基因8000
可能是难啊
换个载体
8楼2008-09-02 09:24:22
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yang-1166

哦,谢谢大家的帮忙,我手头倒是还有个载体PMD18-T,不过这个也很小2600多,看他们的说明书上都写着可以连接大片段啊,没想到实际操作起来这么困难,我换换试试,如果还不行就做pcr 检测算了,老板说的也顾不上了,眼看就要写毕业论文了不能再拖了
再次谢谢大家的帮助
9楼2008-09-02 10:28:55
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boouy

银虫 (正式写手)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):thx
科隆8000bp的片段相当困难!
建议改用Invitrogen的topo TA克隆系统。
10楼2008-09-02 12:03:08
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