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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 急急急！！！关于pcr引物设计
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hoajie

银虫 (初入文坛)

[求助] 急急急！！！关于pcr引物设计 已有5人参与

我要扩增下面的序列
            atgaaat ctaaactttt gattacttca ttattagtag gcgctattat
   281281 aattggagga tgtagtgcgg gtaattcgga atctaataat aattcaaata tggaccattc
   281341 taatatgtct ggtatggacc attccaatat gagtgatgaa gaaatgaaaa acatggaggg
   281401 tatggataat aaagatagta gcatggaaaa tggtcatgcg agtcataaca atccattagc
   281461 attaaataat tcaaatgggg aaaatgagct tgcgctccca cctattattg aacctaaaaa
   281521 tggaattgtt gatattactg ctcaacaagg aacaacagaa atctttaagg gaactaaaac
   281581 agagacatat ggatataatg gttccttttt agggccaatc attcgtatta ataaagatca
   281641 aacggtaacg tttagaacta aaaatgattt atctgaacca acaacatttc actggcatgg
   281701 attagaaatc cctggaaatg gtgatggcgg cccacatcaa gtcctagagc caggtgtaac
   281761 agaagatgta aattttacag ttaatcaggg agcatctacg ctgtggttcc atccacatcc
   281821 agaaggtgct acagcagagc aagtatataa aggtttagct ggtttaattt atatagatga
   281881 tgaaaactca caagaaatca atgtaccaaa tgaatatggt gtgaatgatt ttccattagt
   281941 attccaagat agacaattta ctgaagaaaa gcaattaaat tatcaagcag tccttaatga
   282001 agatggtaca attggagata ctttattaat taatggtacg ttgaatccta aacttacagt
   282061 tggtaaagaa aaagtaagac ttcgtttatt aaacggttct aatgctcgta attatacttt
   282121 taaattgaat accggagata cattccaaca aattgctact gatggtggtt tcttaaatca
   282181 accaactgat atgaaagaaa ttaccttaac accaggtgag cgagcagagg taatagtgga
   282241 cttttcaaaa atggatgaca agactgatat agcattaata aatgatgaag gtactaccct
   282301 tttaccattt aaaattgaac aaaagactac aagtacaagt aaaatttcag aaaaattaaa
   282361 tgattttagt gttactgaag aagagaaaaa tttaccagtt tctaagaagc ttgaactatt
   282421 tggtatgggg acaatggttt ctataaatgg aaaccagttt gatatgaatc gcattgattt
   282481 cactcaaaag cagggtgaga ctgaaatttg ggaaatttat aataaacctg atatgatggg
   282541 tggtatgaca catcctttcc acatacatgg cactcaattt aaaatcgtgt cgattgatgg
   282601 tcaagaacct cctttaaatt taaaagggtg gaaggatact gtctcaattg aagctggtca
   282661 aacagttaaa ttagcagtga agtttaataa taagggcata tacatgttcc actgccatgt
   282721 ccttgaacat gaagaaaatg gtatgatggg gcaagttgaa gtaaattaa
  
设计的引物
上游  5’ atgaaatctaaacttttg 3’
下游  5’ ttaatttacttcaacaac 3’

感觉连续相同的碱基太多，pcr结果只有二聚体。哪位大神能帮我设计一下，急求！
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1楼 2015-09-18 11:19:40
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hoajie

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 冰悦泪tear at 2015-09-18 11:21:44
你用什么软件？primer5.0？

primer 5.0 设计的 全军覆没，出不来结果。我是手动设计的。。。
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4楼2015-09-18 15:19:51
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普通回帖

冰悦泪tear

新虫 (小有名气)
你用什么软件？primer5.0？

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2楼2015-09-18 11:21:44
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反应链

新虫 (正式写手)
★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-09-18 22:29:53
Forward primer        GTGCCTATGTAAAGAATAAAAGGAG

Reverse primer        TTAATATGAACCACGACCAA

Product length        1672

NCBI数据库上的比对结果如下：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... p;CheckStatus=Check
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3楼2015-09-18 13:28:36
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冰悦泪tear

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
怎么会全军覆没？

发自小木虫IOS客户端
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5楼2015-09-18 15:34:06
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hoajie

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 反应链 at 2015-09-18 13:28:36
Forward primer        GTGCCTATGTAAAGAATAAAAGGAG

Reverse primer        TTAATATGAACCACGACCAA

Product length        1672

NCBI数据库上的比对结果如下：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/primertool.cgi?ctg ...

这对引物扩出来的片段比我要的要长呀，这个是280734 - 283269，我要的是281234-282769，怎么办
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6楼2015-09-18 15:34:15
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wx3280065

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我去，你这gc含量估计不到20%不行加gc含量多的酶切位点和保护碱基吧。

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7楼2015-09-18 16:18:23
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wx3280065

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-09-18 22:30:18
另外扩增全长要求特异性高，需要引物长度26+你这引物太短了，设引物前先查查资料…做科研当伸手党可不好，再试试吧

发自小木虫Android客户端
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8楼2015-09-18 16:20:06
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hoajie

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰悦泪tear at 2015-09-18 15:34:06
怎么会全军覆没？

那些发卡结构什么的全是found，显示不了结果
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9楼2015-09-18 18:17:48
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hoajie

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wx3280065 at 2015-09-18 16:20:06
另外扩增全长要求特异性高，需要引物长度26+你这引物太短了，设引物前先查查资料…做科研当伸手党可不好，再试试吧

也是帮别人设计的，所以想一次性成功，我也不清楚是模板还是引物的原因
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10楼2015-09-18 18:22:29
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