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tingting1204

金虫 (正式写手)

[求助] autodock软件使用求助 已有2人参与

1、使用的软件是ADT1.5.6，win64系统，运行autogrid成功，生成了需要的文件，但是运行autodock时，Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename…>就无法载入蛋白了？！是不是软件没安装对啊？

2、我想着虽然无法载入蛋白，就先运行试试吧，也生成了dlg文件，但是打开结果文件后，出现了这样的红色提示，看不懂，请大家帮帮忙！

3、而且结果中，我的小分子也根本没有放到box里面去，求助啊!

autodock软件使用求助
360截图20150914101535090.jpg


autodock软件使用求助-1
360截图20150914102022033.jpg


autodock软件使用求助-2
360截图20150914102035600.jpg
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1楼 2015-09-14 10:28:12
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的BOX设置不合理，重新设置一下，重新autogrid和autodock
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2楼2015-09-14 14:02:21
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tingting1204

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-09-14 14:02:21
你的BOX设置不合理，重新设置一下，重新autogrid和autodock

因为我不知道活性中心，所以把box设置为126*126*126，活性中心是默认的。问一下，这种情况下，我应该如何修改呢？
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3楼2015-09-14 18:34:14
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

活性中心不能默认，看文献查找活性位点氨基酸残基，然后做参照
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4楼2015-09-14 20:01:02
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341176

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你先根据原来的药物配体找到是跟哪些活性位点结合，这个最好在chimera软件里面操作，在这里面你可以找到那个box的大概大小，然后把里面的数据弄成txt文档，最后在COMMAND PROMPT里面操作就可以了
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5楼2015-09-23 10:29:51
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mondaystudy

木虫 (正式写手)
我现在用autodock做对接遇到了同样的问题，你可以说一下您是怎么解决的吗？
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6楼2018-01-19 16:45:54
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孤单12站

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mondaystudy at 2018-01-19 16:45:54
我现在用autodock做对接遇到了同样的问题，你可以说一下您是怎么解决的吗？

我也遇见了第一个问题，请问你解决了么？
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7楼2018-12-19 16:58:13
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