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tingting1204

金虫 (正式写手)

[求助] autodock软件使用求助 已有2人参与

1、使用的软件是ADT1.5.6,win64系统,运行autogrid成功,生成了需要的文件,但是运行autodock时,Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename…>就无法载入蛋白了?!是不是软件没安装对啊?

2、我想着虽然无法载入蛋白,就先运行试试吧,也生成了dlg文件,但是打开结果文件后,出现了这样的红色提示,看不懂,请大家帮帮忙!

3、而且结果中,我的小分子也根本没有放到box里面去,求助啊!

autodock软件使用求助
360截图20150914101535090.jpg


autodock软件使用求助-1
360截图20150914102022033.jpg


autodock软件使用求助-2
360截图20150914102035600.jpg
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的BOX设置不合理,重新设置一下,重新autogrid和autodock
2楼2015-09-14 14:02:21
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tingting1204

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-09-14 14:02:21
你的BOX设置不合理,重新设置一下,重新autogrid和autodock

因为我不知道活性中心,所以把box设置为126*126*126,活性中心是默认的。问一下,这种情况下,我应该如何修改呢?
3楼2015-09-14 18:34:14
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

活性中心不能默认,看文献查找活性位点氨基酸残基,然后做参照
4楼2015-09-14 20:01:02
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341176

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你先根据原来的药物配体找到是跟哪些活性位点结合,这个最好在chimera软件里面操作,在这里面你可以找到那个box的大概大小,然后把里面的数据弄成txt文档,最后在COMMAND PROMPT里面操作就可以了
5楼2015-09-23 10:29:51
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mondaystudy

木虫 (正式写手)

我现在用autodock做对接遇到了同样的问题,你可以说一下您是怎么解决的吗?
6楼2018-01-19 16:45:54
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孤单12站

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by mondaystudy at 2018-01-19 16:45:54
我现在用autodock做对接遇到了同样的问题,你可以说一下您是怎么解决的吗?

我也遇见了第一个问题,请问你解决了么?
7楼2018-12-19 16:58:13
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