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zhangy1027新虫 (正式写手)
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怎样知道基因的启动子序列 已有2人参与
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我想做一个基因调控human IL17A 的基因转录，在NCBI 上搜索，网页如下：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;to=52190638，其mRNA join(1..72,1217..1419,2669..4252)，从第一位就是外显子区了，那它的启动子区在哪？ 请教各位大神，这个怎么查它的启动子？ 谢谢！ |
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zhangy1027: 金币+40, ★★★★★最佳答案, 终于搞明白了 2015-08-31 08:11:14
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启动子一般是指全基因序列上游1000bp的序列，操作如下：选择Gene，输入基因名称——选择人源Human的基因——点击页面上Genomic regions右侧的FASTA文本——得到一段完整的基因序列，右侧有可选区域fromXXXXXtoYYYYY再把其改为fromXXXXX-1000toXXXXX 注意：基因上游有时候会在YYYYY+1000处，因为该基因与NCBI序号编码的方向相反，基因页面有个深颜色的红箭头，要注意观察哦 这是我研究几个月，使用近半年的经验，希望采纳，谢谢！ 发自小木虫Android客户端 |
2楼2015-08-30 15:22:24
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我还是把结果copy给你吧，望采纳！这是原网页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;to=52190638 CCCCCCGAGTTAGCATGTAGAATATGGGATACCAGCTGAGTGCCTGAGAGTTATCATTCACCTCAGTGGGGGTAGGGGCGGAGAAGGGTGACATATAGCCAGCCACATCTATATCCACTGGCCCTTCCTTGTCCTAGTCCTCTGTATTCCTGAGAAGGAACTATTCTCAAGGACCTGAGTCCAAGTTCATCTTACTTAGAGTACAGAGAAAAGAACCGCTAACTCCTTCTCTCTTTCCCCCATCATGTCTCCTCTCCTTTCTAGTTCTCATCACTCTCTACTCCCCCCTGCCCCCCTTTTCTCCATCTCCATCACCTTTGTCCAGTCTCTATCCCCATTTTCAATTCCTTCCTCAAAACACCAAGTTGCTTGGTAGCATGCAGGGTTGGAACATGCCTTTAACAGAAAATCTCGTGTCTCTTGAACCTAGTTATTTATTCCTTGAGCAGAGTAGATATTCAACAAAAGAATTGTTAAATTCAATTAAATAGGATATATCTTATTATTAAATATTTTTTTCATTTTTTGTTTACTTATATGATGGGAACTTGAGTAGTTTCCGGAATTGTCTCCACAACACCTGGCCAAGGAATCTGTGAGGAAAAGAAAGATCAAATGGAAAATCAAGGTACATGACACCAGAAGACCTACATGTTACTTCAAACTTTTTCTTCCTCATGAACCATTAAAATAGAGCATAACTCTTCTGGCAGCTGTACATATGTTCATAAATACATGATATTGACCCATAGCATAGCAGCTCTGCTCAGCTTCTAACAAGTAAGAATGAAAAGAGGACATGGTCTTTAGGAACATGAATTTCTGCCCTTCCCATTTTCCTTCAGAAGGAGAGATTCTTCTATGACCTCATTGGGGGCGGAAATTTTAACCAAAATGGTGTCACCCCTGAACCCACTGCGACACGCCACGTAAGTGACCACAGAAGGAGAAAAGCCCTATAAAAAGAGAGACGATAGCGCTACATTTTGTCCATCTCATAG |
3楼2015-08-30 15:28:51
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其实没有必要再找核心启动子，因为启动子区的转录起始部位，TATA框，CAAT框和增强子等之间都有或多或少的碱基差距，而且有时相距会很远，1000bp里一般已经包括了该基因启动子区，通常用于转录因子活性分析的实验，因为太短或太长的话构建到载体时候会产生这样那样的问题，如太短回收难度大，太长可能酶切位点不好选。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2015-08-30 17:42:43
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