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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » 怎样知道基因的启动子序列
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zhangy1027

新虫 (正式写手)

[求助] 怎样知道基因的启动子序列 已有2人参与

我想做一个基因调控human IL17A 的基因转录，在NCBI 上搜索，网页如下：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;to=52190638，其mRNA            join(1..72,1217..1419,2669..4252)，从第一位就是外显子区了，那它的启动子区在哪？
请教各位大神，这个怎么查它的启动子？
谢谢！
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1楼 2015-08-30 13:51:35
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2015-08-30 23:05:42
zhangy1027: 金币+40, ★★★★★最佳答案, 终于搞明白了 2015-08-31 08:11:14
启动子一般是指全基因序列上游1000bp的序列，操作如下：选择Gene，输入基因名称——选择人源Human的基因——点击页面上Genomic regions右侧的FASTA文本——得到一段完整的基因序列，右侧有可选区域fromXXXXXtoYYYYY再把其改为fromXXXXX-1000toXXXXX
注意：基因上游有时候会在YYYYY+1000处，因为该基因与NCBI序号编码的方向相反，基因页面有个深颜色的红箭头，要注意观察哦

这是我研究几个月，使用近半年的经验，希望采纳，谢谢！

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2楼2015-08-30 15:22:24
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-08-30 23:05:55
我还是把结果copy给你吧，望采纳！这是原网页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;to=52190638
CCCCCCGAGTTAGCATGTAGAATATGGGATACCAGCTGAGTGCCTGAGAGTTATCATTCACCTCAGTGGGGGTAGGGGCGGAGAAGGGTGACATATAGCCAGCCACATCTATATCCACTGGCCCTTCCTTGTCCTAGTCCTCTGTATTCCTGAGAAGGAACTATTCTCAAGGACCTGAGTCCAAGTTCATCTTACTTAGAGTACAGAGAAAAGAACCGCTAACTCCTTCTCTCTTTCCCCCATCATGTCTCCTCTCCTTTCTAGTTCTCATCACTCTCTACTCCCCCCTGCCCCCCTTTTCTCCATCTCCATCACCTTTGTCCAGTCTCTATCCCCATTTTCAATTCCTTCCTCAAAACACCAAGTTGCTTGGTAGCATGCAGGGTTGGAACATGCCTTTAACAGAAAATCTCGTGTCTCTTGAACCTAGTTATTTATTCCTTGAGCAGAGTAGATATTCAACAAAAGAATTGTTAAATTCAATTAAATAGGATATATCTTATTATTAAATATTTTTTTCATTTTTTGTTTACTTATATGATGGGAACTTGAGTAGTTTCCGGAATTGTCTCCACAACACCTGGCCAAGGAATCTGTGAGGAAAAGAAAGATCAAATGGAAAATCAAGGTACATGACACCAGAAGACCTACATGTTACTTCAAACTTTTTCTTCCTCATGAACCATTAAAATAGAGCATAACTCTTCTGGCAGCTGTACATATGTTCATAAATACATGATATTGACCCATAGCATAGCAGCTCTGCTCAGCTTCTAACAAGTAAGAATGAAAAGAGGACATGGTCTTTAGGAACATGAATTTCTGCCCTTCCCATTTTCCTTCAGAAGGAGAGATTCTTCTATGACCTCATTGGGGGCGGAAATTTTAACCAAAATGGTGTCACCCCTGAACCCACTGCGACACGCCACGTAAGTGACCACAGAAGGAGAAAAGCCCTATAAAAAGAGAGACGATAGCGCTACATTTTGTCCATCTCATAG
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3楼2015-08-30 15:28:51
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-08-30 23:06:09
zhangy1027: 金币+10, ★★★很有帮助, 明白了，谢谢 2015-08-31 08:11:36
一般基因启动子位于该基因编码区上游2000bp内，在你打开的界面右上角有个选择范围的输入框，在里面输入基因上游2000bp范围即可，即从52186185到52186385,。
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4楼2015-08-30 16:09:35
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zhangy1027

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 976592787 at 2015-08-30 15:28:51
我还是把结果copy给你吧，望采纳！这是原网页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000006.12?report=fasta&from=52186387&to=52190638
CCCCCCGAGTTAGCATGTAGAATATGGGATACCAGCTGAGTGCCTGAGAGTTATCATTCA ...

前辈，不胜感激，你知道怎么寻找它的核心启动子区吗？
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5楼2015-08-30 17:13:35
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangy1027 at 2015-08-30 17:13:35
前辈，不胜感激，你知道怎么寻找它的核心启动子区吗？...

其实没有必要再找核心启动子，因为启动子区的转录起始部位，TATA框，CAAT框和增强子等之间都有或多或少的碱基差距，而且有时相距会很远，1000bp里一般已经包括了该基因启动子区，通常用于转录因子活性分析的实验，因为太短或太长的话构建到载体时候会产生这样那样的问题，如太短回收难度大，太长可能酶切位点不好选。

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6楼2015-08-30 17:42:43
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zhangy1027

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 976592787 at 2015-08-30 15:22:24
启动子一般是指全基因序列上游1000bp的序列，操作如下：选择Gene，输入基因名称——选择人源Human的基因——点击页面上Genomic regions右侧的FASTA文本——得到一段完整的基因序列，右侧有可选区域fromXXXXXtoYYYYY ...

还是没明白你说的“该基因与NCBI序号编码的方向相反” 是什么意思，深红色箭头不是朝右的吗
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7楼2015-08-30 17:43:58
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

有朝左的，如我前阵子做的Srebf基因，你看看是不是，如果做的多你会发现还有好多是这种情况

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8楼2015-08-30 17:46:18
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

srebp的编码基因srebf1
网页地址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6720
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9楼2015-08-30 17:50:15
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

具体的道理也很简单，ＤＮＡ有两条链正义链和反义链，编码某一基因的正义链可能是编码另一基因的反义链。ＮＣＢＩ上可能按大多数基因的正义链编的序号，某些基因在另外一条链上同样可以按照５‘——３’编码蛋白，并没有什么区别不是吗？
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10楼2015-08-30 17:55:01
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