应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » qRT-PCR引物设计
51/1返回列表
查看: 1751  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

无语。。。

铜虫 (初入文坛)

[求助] qRT-PCR引物设计

新手求助各位前辈~~
只有一个基因的部分基因组序列，没有cDNA序列，可以根据这部分基因组序列设计qRT-PCR引物吗？好像通常引物是要跨内含子，通过软件预测内含子后再设计引物可以吗？会不会效果不好？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-08-27 17:26:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

无语。。。

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lvbobo823 at 2015-08-27 20:19:23
建议你可以找一下该基因在其他测序物种中的序列，比对一下找一下外显子和内含子的位置。用软件分析后可以相互验证。再一个你根据预测的外显子中间位置设计对引物在cDNA上扩增一下测序，不就清楚外显子的末端序列位置 ...

这个基因在其他物种里面有，但是相似度不高，所以估计比对起来找也不是很准。
现在看来还是要先获取cDNA序列了~~谢啦~
赞一下 回复此楼
7楼2015-08-27 21:27:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

evangelina

无虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
无语。。。: 金币+8, ★★★很有帮助 2015-08-27 21:28:51
这个难度好像比较大。

也没有说必须跨内含子，不过有跨内含子的引物只会扩增mRNA不会扩增可能混在样本里面的DNA

也就是说，如果你的RNA提纯做得很好，没有太多DNA污染的话，引物不跨内含子也影响不大

至于用软件预测内含子，我真没有做过。有可能推测错了就根本做不出来PCR。不过如果资金允许，软件又靠谱的话，大可以多试试几个引物。问题就是假如某个位置原本没有内含子的，你的软件说有，然后你据此设计的引物又能够扩增出产物，到头来你也不知道它究竟是不是跨内含子了。
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-27 18:21:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
无语。。。: 金币+5, ★有帮助 2015-08-27 21:29:19
理论上可行，但是不试怎么知道效果到底如何。先预测内含子、外显子，然后再参考同源基因的序列，设计跨内含子引物，实验验证。
赞一下 回复此楼
3楼2015-08-27 18:21:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
无语。。。: 金币+7, ★★★很有帮助 2015-08-27 21:30:02
建议你可以找一下该基因在其他测序物种中的序列，比对一下找一下外显子和内含子的位置。用软件分析后可以相互验证。再一个你根据预测的外显子中间位置设计对引物在cDNA上扩增一下测序，不就清楚外显子的末端序列位置。
赞一下 回复此楼
hehe
4楼2015-08-27 20:19:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 4/200 2026-09-16 22:40 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-16 21:26 by MHf40yA0Uhyb
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-16 21:03 by MHf40yA0Uhyb
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 11/550 2026-09-16 18:37 by rRvxEj3zorCy
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 23jxep3nCNZb 2026-09-14 5/250 2026-09-16 18:00 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-16 17:27 by i3KBRD19ERkG
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-16 17:03 by i3KBRD19ERkG
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-16 16:12 by i3KBRD19ERkG
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 16:00 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-16 14:36 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-16 14:27 by i3KBRD19ERkG
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-16 04:27 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 03:50 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-16 02:23 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:34 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:14 by C79jjtjAKjEn
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭