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[求助]
qRT-PCR引物设计
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新手求助各位前辈~~ 只有一个基因的部分基因组序列，没有cDNA序列，可以根据这部分基因组序列设计qRT-PCR引物吗？好像通常引物是要跨内含子，通过软件预测内含子后再设计引物可以吗？会不会效果不好？  |
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lvbobo823
铁杆木虫 (正式写手)
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4楼2015-08-27 20:19:23
evangelina
无虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
无语。。。: 金币+8, ★★★很有帮助 2015-08-27 21:28:51
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无语。。。: 金币+8, ★★★很有帮助 2015-08-27 21:28:51
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这个难度好像比较大。 也没有说必须跨内含子，不过有跨内含子的引物只会扩增mRNA不会扩增可能混在样本里面的DNA 也就是说，如果你的RNA提纯做得很好，没有太多DNA污染的话，引物不跨内含子也影响不大 至于用软件预测内含子，我真没有做过。有可能推测错了就根本做不出来PCR。不过如果资金允许，软件又靠谱的话，大可以多试试几个引物。问题就是假如某个位置原本没有内含子的，你的软件说有，然后你据此设计的引物又能够扩增出产物，到头来你也不知道它究竟是不是跨内含子了。 |
2楼2015-08-27 18:21:00
3楼2015-08-27 18:21:17
5楼2015-08-27 21:21:58
