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jiashuhua29

铜虫 (小有名气)

[求助] 载体构建已有4人参与

一个CDS区大小为4000bp的基因,想构载体,可是设计好了引物从ATG开始到TGA 结束,怎么也跑不出来,这个基因有7种剪接体,一个都跑不出来,有什么好的解决方法吗
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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那要看看你是怎么做的才能帮你找原因啊

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-08-26 11:11:01
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jiashuhua29

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by Neo2000 at 2015-08-26 11:11:01
那要看看你是怎么做的才能帮你找原因啊

你好,首先谢谢你的回复,我就是不想分段扩增,用了各种酶,pfu,LA,primeSTARTM HS等,程序都是严格按照说明书来做的,跑出来的条带一般都在1500bp左右,没有目的条带,我又按照网上说的先设一对引物在CDS外也就是UTR区,然后把跑出来的pcr产物稀释100倍,再用第二对引物也就是扩CDS区的引物来扩增,还是没有目的条带。
3楼2015-08-26 11:20:15
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evangelina

无虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2015-08-26 23:06:07
jiashuhua29: 金币+20 2015-08-28 09:58:48
你可以试试把它拆分成两个片段,用overlapping PCR去做
例如说分成两个2k的片段,一般就比较好做PCR,先克隆到T载体,测序,如有变异先把它变回来
然后就用头尾的引物做PCR,再把全长片段克隆到目标载体

4k的基因如果直接克隆,如果是从cDNA会有的困难的
除非你用比较高级的逆转录酶和高保真酶

如果有钱的话,直接叫公司给你合成吧
又或者如果是很普遍的基因,直接从addgene之类的公司买,很便宜的
4楼2015-08-26 11:25:49
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jiashuhua29

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by evangelina at 2015-08-26 11:25:49
你可以试试把它拆分成两个片段,用overlapping PCR去做
例如说分成两个2k的片段,一般就比较好做PCR,先克隆到T载体,测序,如有变异先把它变回来
然后就用头尾的引物做PCR,再把全长片段克隆到目标载体

4k的基 ...

谢谢,我的基因比较新,可能还是得靠自己做,我也试过分成两段,但是发现2000左右没有比较好的引物,设了一对结果也没跑出来,而且分成两段从ATG开始的那个引物和到TGA 的那个引物还是得用上,但是这两个引物本来就不是很好,我就怕分成两段也跑不出来。
5楼2015-08-26 11:33:34
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by evangelina at 2015-08-26 11:25:49
你可以试试把它拆分成两个片段,用overlapping PCR去做
例如说分成两个2k的片段,一般就比较好做PCR,先克隆到T载体,测序,如有变异先把它变回来
然后就用头尾的引物做PCR,再把全长片段克隆到目标载体

4k的基 ...

这和烧钱有什么区别,4k的片段,怎么着也得1w2吧,够做好多事了

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6楼2015-08-26 13:34:55
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

RNA质量要好,引物OK了,一般都能扩出来的

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-08-26 13:35:56
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AnaSequence

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-08-26 23:06:25
分段PCR,再重叠PCR。多分几段也没问题,引物扩增条件相近的话,不增加多少工作。合成基因也就是分500bp左右一段接好,再重叠PCR或同源重组。
8楼2015-08-26 13:53:36
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-26 23:06:38
用KOD-FX试试,另外,可以分成两段,之间有20-40bp的overlap,然后直接一步同源重组到你要的载体里去。
9楼2015-08-26 16:01:28
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