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新的自我100

金虫 (初入文坛)

[求助] 提质粒跑胶 已有4人参与

提出的质粒跑胶结果要怎么分析,要怎么和Marker比较来判断是否其是否正确?谢谢!
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ksws0465326

金虫 (小有名气)

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感谢参与,应助指数 +1
环状DNA跑电泳也可以看大小,和线状的迁移率没差那么大,根据marker的大小,也就是看个大概,想要确切认证是否正确插入片段,只能测序
6楼2015-08-26 10:32:49
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ksws0465326

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
新的自我100: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-08-26 14:57:54
引用回帖:
7楼: Originally posted by 新的自我100 at 2015-08-26 10:35:32
但环状的跑出的条带大小并不正确,所以质粒跑胶结果只是看够不够亮,浓度够不够,这样理解对吗?...

一般情况下,我常做的时候是,忽略环状和线状DNA迁移率的差异,即环状DNA的大小即为线状DNA的大小,所以电泳时的大小即可认为是正确的。但是验证重组质粒时,用电泳跑完整的质粒,以及用特异性引物p出的条带,以及使用单酶切,双酶切等的产物进行电泳验证时,都是主观判断条带大小,无法100%确认是否正确,比如,你插入的目的片段为1K,但是由于某种未知原因重组时有可能会缺失或增加几bp或10几bp(我只说是可能性,并不一定真的是这几个碱基大小)。这种情况下,你跑普通电泳的话基本是判断不出来两者之间的差别的,所以想要100%确认重组质粒是否正确,电泳初步判断后还是要进行测序验证后,才能进行下面的实验的。
10楼2015-08-26 12:47:51
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Huobol

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


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新的自我100: 金币+1, 有帮助 2015-08-26 14:58:45
插入目的片段后的重组质粒的大小是可以算的,比如2692 bp的pMD19-T载体,其重组质粒大小就等于2692加插入的目的片段的大小,这样质粒电泳后参照Marker就知道重组质粒条带的大致位置了。最后还是要测序验证。

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让羽毛再飞一会儿
2楼2015-08-26 01:52:35
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新的自我100

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Huobol at 2015-08-26 01:52:35
插入目的片段后的重组质粒的大小是可以算的,比如2692 bp的pMD19-T载体,其重组质粒大小就等于2692加插入的目的片段的大小,这样质粒电泳后参照Marker就知道重组质粒条带的大致位置了。最后还是要测序验证。
...

但提出的质粒不是环状吗?大小不能那么看吧?
3楼2015-08-26 09:24:07
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
新的自我100: 金币+1, 有帮助 2015-08-26 14:59:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by 新的自我100 at 2015-08-26 09:24:07
但提出的质粒不是环状吗?大小不能那么看吧?...

加入限制性内切酶酶切后,不就是线性了,这样跑胶不就可以比对了
4楼2015-08-26 09:36:08
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新的自我100

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by a86052 at 2015-08-26 09:36:08
加入限制性内切酶酶切后,不就是线性了,这样跑胶不就可以比对了...

恩,好的,谢谢,但如果不进行酶切验证,只是提的质粒进行跑胶的话,那个只是看是否有提出而不能看他的大小是吗?
5楼2015-08-26 10:23:31
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新的自我100

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ksws0465326 at 2015-08-26 10:32:49
环状DNA跑电泳也可以看大小,和线状的迁移率没差那么大,根据marker的大小,也就是看个大概,想要确切认证是否正确插入片段,只能测序

但环状的跑出的条带大小并不正确,所以质粒跑胶结果只是看够不够亮,浓度够不够,这样理解对吗?
7楼2015-08-26 10:35:32
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duanh19

捐助贵宾 (初入文坛)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
环状质粒电泳会与Maker有一定的差别的。下面是我最近做真核表达时候跑pPICZαA质粒,仅供参考。希望可以多多交流!
提质粒跑胶
pp.jpg

8楼2015-08-26 11:04:29
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新的自我100

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by duanh19 at 2015-08-26 11:04:29
环状质粒电泳会与Maker有一定的差别的。下面是我最近做真核表达时候跑pPICZαA质粒,仅供参考。希望可以多多交流!

pp.jpg

嗯嗯,好的谢谢
9楼2015-08-26 11:28:11
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