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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[求助] 高通量测序数据拆分异常 已有2人参与

各位做过高通量测序的大侠:
      我刚刚学习使用高通量测序技术,是扩增子测序,菜鸟一个。之前送了一批样品,初步检测是合格的,但是过了没几天,测序公司说我的16个样品拆出的数据 都只有几百至几千条,按说初步样品检测浓度合格,下机拆分的数据量不会这么少,这样的数据根本没法进行后续分析,问我是不是提供的barcode信息有误,但是我核实了barcode都是正确的。
      但是公司也说不出其他原因,这么多样品都出问题,要是重做不仅浪费时间金钱,关键是样品放了那么久不知道能不能全部做出来了。头疼啊!指着这个毕业呢!!!
      请各位大侠指点迷津,这种数据拆分异常会是什么原因造成的?现在我该怎么办?
高手相助感激不尽!!!
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jiajia1990

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
柠檬可乐星: 金币+5 2015-09-01 11:03:25
你的初步样品检测浓度合格,而且是16个样品拆出的数据都不合格,我觉得是测序公司的问题,我们以前也遇到类似的情况,建议让测序公司重测!!!
6楼2015-08-22 09:23:01
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-22 23:07:03
柠檬可乐星: 金币+2 2015-09-01 11:03:00
barcode不该是公司给出的么,你可以先查看一下公司给你的数据分析结果,应该有个质量报告什么的;如果你DNA检测浓度和纯度合格的话,公司检测应该是没问题的。
2楼2015-08-16 15:07:31
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great07225388

新虫 (著名写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-22 23:07:16
一般像扩增子测序,公司都有固定的流程,问题应该不大。建议看下究竟是测序的问题,还是建库的问题,还是样品制备的问题,等等。

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-08-16 17:16:04
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我是鱼豆腐 at 2015-08-16 15:07:31
barcode不该是公司给出的么,你可以先查看一下公司给你的数据分析结果,应该有个质量报告什么的;如果你DNA检测浓度和纯度合格的话,公司检测应该是没问题的。

公司一次给了很多barcode,自己扩增的时候使用了其中一部分,现在数据异常,公司怀疑是我提供给他们的我实验所用的barcode 信息有误。现在刚测完序,要下机拆分数据,结果就出现这种情况,公司觉得不正常,所以暂时没有往下进行,报告也没出
越努力越幸运
4楼2015-08-17 08:22:29
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