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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 高通量测序数据拆分异常
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[求助] 高通量测序数据拆分异常 已有2人参与

各位做过高通量测序的大侠：
      我刚刚学习使用高通量测序技术，是扩增子测序，菜鸟一个。之前送了一批样品，初步检测是合格的，但是过了没几天，测序公司说我的16个样品拆出的数据 都只有几百至几千条，按说初步样品检测浓度合格，下机拆分的数据量不会这么少，这样的数据根本没法进行后续分析，问我是不是提供的barcode信息有误，但是我核实了barcode都是正确的。
      但是公司也说不出其他原因，这么多样品都出问题，要是重做不仅浪费时间金钱，关键是样品放了那么久不知道能不能全部做出来了。头疼啊！指着这个毕业呢！！！
      请各位大侠指点迷津，这种数据拆分异常会是什么原因造成的？现在我该怎么办？
高手相助感激不尽！！！
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高通量测序

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越努力越幸运
1楼 2015-08-15 10:28:29
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great07225388

新虫 (著名写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-22 23:07:16
一般像扩增子测序，公司都有固定的流程，问题应该不大。建议看下究竟是测序的问题，还是建库的问题，还是样品制备的问题，等等。

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3楼2015-08-16 17:16:04
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-22 23:07:03
柠檬可乐星: 金币+2 2015-09-01 11:03:00
barcode不该是公司给出的么，你可以先查看一下公司给你的数据分析结果，应该有个质量报告什么的；如果你DNA检测浓度和纯度合格的话，公司检测应该是没问题的。
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2楼2015-08-16 15:07:31
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我是鱼豆腐 at 2015-08-16 15:07:31
barcode不该是公司给出的么，你可以先查看一下公司给你的数据分析结果，应该有个质量报告什么的；如果你DNA检测浓度和纯度合格的话，公司检测应该是没问题的。

公司一次给了很多barcode，自己扩增的时候使用了其中一部分，现在数据异常，公司怀疑是我提供给他们的我实验所用的barcode 信息有误。现在刚测完序，要下机拆分数据，结果就出现这种情况，公司觉得不正常，所以暂时没有往下进行，报告也没出
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越努力越幸运
4楼2015-08-17 08:22:29
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by great07225388 at 2015-08-16 17:16:04
一般像扩增子测序，公司都有固定的流程，问题应该不大。建议看下究竟是测序的问题，还是建库的问题，还是样品制备的问题，等等。

现在就是找不到什么原因，样品交给公司测试就是有这个弊端，他们坚持说与我同批测试的其他人的样品都是正常的，也就是首先排除测序和建库有问题。如果样品制备有问题，那前期检测是合格的啊，还有问题的话，我就不知道怎么办了。全部重新做？能保证就正常吗？哎  头疼
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越努力越幸运
5楼2015-08-17 08:25:24
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