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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 高通量测序数据拆分异常
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[求助] 高通量测序数据拆分异常 已有2人参与

各位做过高通量测序的大侠：
      我刚刚学习使用高通量测序技术，是扩增子测序，菜鸟一个。之前送了一批样品，初步检测是合格的，但是过了没几天，测序公司说我的16个样品拆出的数据 都只有几百至几千条，按说初步样品检测浓度合格，下机拆分的数据量不会这么少，这样的数据根本没法进行后续分析，问我是不是提供的barcode信息有误，但是我核实了barcode都是正确的。
      但是公司也说不出其他原因，这么多样品都出问题，要是重做不仅浪费时间金钱，关键是样品放了那么久不知道能不能全部做出来了。头疼啊！指着这个毕业呢！！！
      请各位大侠指点迷津，这种数据拆分异常会是什么原因造成的？现在我该怎么办？
高手相助感激不尽！！！
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高通量测序

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越努力越幸运
1楼 2015-08-15 10:28:29
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-22 23:07:03
柠檬可乐星: 金币+2 2015-09-01 11:03:00
barcode不该是公司给出的么，你可以先查看一下公司给你的数据分析结果，应该有个质量报告什么的；如果你DNA检测浓度和纯度合格的话，公司检测应该是没问题的。
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2楼2015-08-16 15:07:31
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great07225388

新虫 (著名写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-22 23:07:16
一般像扩增子测序，公司都有固定的流程，问题应该不大。建议看下究竟是测序的问题，还是建库的问题，还是样品制备的问题，等等。

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3楼2015-08-16 17:16:04
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我是鱼豆腐 at 2015-08-16 15:07:31
barcode不该是公司给出的么，你可以先查看一下公司给你的数据分析结果，应该有个质量报告什么的；如果你DNA检测浓度和纯度合格的话，公司检测应该是没问题的。

公司一次给了很多barcode，自己扩增的时候使用了其中一部分，现在数据异常，公司怀疑是我提供给他们的我实验所用的barcode 信息有误。现在刚测完序，要下机拆分数据，结果就出现这种情况，公司觉得不正常，所以暂时没有往下进行，报告也没出
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越努力越幸运
4楼2015-08-17 08:22:29
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by great07225388 at 2015-08-16 17:16:04
一般像扩增子测序，公司都有固定的流程，问题应该不大。建议看下究竟是测序的问题，还是建库的问题，还是样品制备的问题，等等。

现在就是找不到什么原因，样品交给公司测试就是有这个弊端，他们坚持说与我同批测试的其他人的样品都是正常的，也就是首先排除测序和建库有问题。如果样品制备有问题，那前期检测是合格的啊，还有问题的话，我就不知道怎么办了。全部重新做？能保证就正常吗？哎  头疼
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越努力越幸运
5楼2015-08-17 08:25:24
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jiajia1990

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
柠檬可乐星: 金币+5 2015-09-01 11:03:25
你的初步样品检测浓度合格，而且是16个样品拆出的数据都不合格，我觉得是测序公司的问题，我们以前也遇到类似的情况，建议让测序公司重测！！！
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6楼2015-08-22 09:23:01
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiajia1990 at 2015-08-22 09:23:01
你的初步样品检测浓度合格，而且是16个样品拆出的数据都不合格，我觉得是测序公司的问题，我们以前也遇到类似的情况，建议让测序公司重测！！！

但是公司觉得和我同一批测试的其他人的样品结果是正常的就应该不是他们测序的问题，不过我是打算让他们重测的。
请问您遇到这种情况让公司重测之后结果怎么样？
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越努力越幸运
7楼2015-08-22 10:46:45
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jiajia1990

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 柠檬可乐星 at 2015-08-22 10:46:45
但是公司觉得和我同一批测试的其他人的样品结果是正常的就应该不是他们测序的问题，不过我是打算让他们重测的。
请问您遇到这种情况让公司重测之后结果怎么样？...

我做土壤的 一般检测合格后 测序没有问题 我们重测后结果还是不行 换了一家公司搞定了
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8楼2015-08-22 20:09:46
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiajia1990 at 2015-08-22 20:09:46
我做土壤的 一般检测合格后 测序没有问题 我们重测后结果还是不行 换了一家公司搞定了...

请问您之前是在哪家测的有问题？后来又换了哪家搞定的？
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越努力越幸运
9楼2015-08-31 08:34:10
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