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落木778

铜虫 (小有名气)

[求助] 有什么软件或者网站找出基因组的全部酶切位点? 已有8人参与

大家都知道酶切位点具有特异性,已知一个物种的基因组序列,我需要得到基因组的所有酶切位点,用什么方法查找?既快捷又一目了然
请教大家这个问题的目的是:本人已经提取了该物种的基因组,但我想获得碎裂的基因组,大约200bp,酶切是不是最好的一个方法,是否还有其他的方法?
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pennchem

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
找一个好一点的搜索,然后输入关键词 NEB cutter
行至水穷处,坐看云起时
2楼2015-08-11 12:14:22
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ch854355011

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
3楼2015-08-11 12:32:32
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普通回帖

jinxuan0904

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NEB CUTTER 非常好!
4楼2015-08-11 13:55:01
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用一种或少数酶酶切不一定能获得200bp均一的片段,因为基因组中酶切位点并不均匀,建议用DNA片段化仪,按照需要的片段大小进行超声波破碎,又快效果又好。
5楼2015-08-11 18:39:49
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落木778

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ch854355011 at 2015-08-11 12:32:32
http://nc2.neb.com/NEBcutter2/
neb cutter

谢谢
6楼2015-08-12 08:50:50
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落木778

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-11 18:39:49
用一种或少数酶酶切不一定能获得200bp均一的片段,因为基因组中酶切位点并不均匀,建议用DNA片段化仪,按照需要的片段大小进行超声波破碎,又快效果又好。

DNA片段化仪好像一般的实验室都没有,效果虽好,却没办法做咯
7楼2015-08-12 08:52:38
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cm14704019

至尊木虫 (知名作家)

primer5不知可否?

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2015-08-12 09:18:10
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Ruofei89

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我一般上这个网站http://www.addgene.org/analyze-sequence/
直接输入序列,提交会自动分析所有酶切位点
9楼2015-08-12 11:57:19
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人车

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我是用Vector NTI 里面可以添加酶切位点 至于要都要200 bp大小的 是不是有些难度啊
10楼2015-08-12 14:41:18
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