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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » 关于转录组测序后Unigene序列的问题
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于转录组测序后Unigene序列的问题

前段时间测了昆虫不同处理的转录组，我做的这个虫子基本没有基因测序出来，所以除了差异基因外，在得到的unigene注释的结果中也有很多感兴趣的其他基因，我根据unigene序列设计的普通PCR的引物，但是测序之后在NCBI上却搜索不到，请问各位虫友，是不是一定要经过RNA干扰验证才可以证明这个基因注释的正确性？在NCBI上检测不到其他近缘物种的相似序列是不是有其他原因？
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1楼 2015-08-10 09:44:09
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
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测序后比对时用blastx程序。
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熊猫高高
2楼2015-08-10 11:42:24
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-10 11:42:24
测序后比对时用blastx程序。

blastX也搜索不到，是什么原因呢？也就是说这个方法应该没错是吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2015-08-10 20:51:09
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-10 11:42:24
测序后比对时用blastx程序。

我再重新设计引物试试吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2015-08-10 20:52:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
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测序出来的序列和你拼接的unigene序列一致吗？
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5楼2015-08-10 20:56:05
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stone856

银虫 (小有名气)
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我觉得你应该对序列做一个全面的分析，看看这个基因是否是一个全新的基因。如果不是，就要在实验操作中找问题了。
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6楼2015-08-11 09:48:07
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-10 20:56:05
测序出来的序列和你拼接的unigene序列一致吗？

不完全一致，只有一少部分序列能吻合，这是不是引物的问题？
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7楼2015-08-12 11:26:04
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stone856 at 2015-08-11 09:48:07
我觉得你应该对序列做一个全面的分析，看看这个基因是否是一个全新的基因。如果不是，就要在实验操作中找问题了。

怎么看是不是全新的基因呢？因为unigene序列本身在blastN中找不到近缘的序列，只是在blastx中有，但是符合度也只有60%左右。
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8楼2015-08-12 11:29:39
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★
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转录组数据拼接成unigene时有时也会出错，你这个有可能是拼接错误。或者你重新设计对引物再扩试试。
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9楼2015-08-12 23:51:32
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-12 23:51:32
转录组数据拼接成unigene时有时也会出错，你这个有可能是拼接错误。或者你重新设计对引物再扩试试。

好的，谢谢，我再试试
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10楼2015-08-13 16:41:25
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