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熊猫高高

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于转录组测序后Unigene序列的问题

前段时间测了昆虫不同处理的转录组,我做的这个虫子基本没有基因测序出来,所以除了差异基因外,在得到的unigene注释的结果中也有很多感兴趣的其他基因,我根据unigene序列设计的普通PCR的引物,但是测序之后在NCBI上却搜索不到,请问各位虫友,是不是一定要经过RNA干扰验证才可以证明这个基因注释的正确性?在NCBI上检测不到其他近缘物种的相似序列是不是有其他原因?
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-12 23:51:32
转录组数据拼接成unigene时有时也会出错,你这个有可能是拼接错误。或者你重新设计对引物再扩试试。

好的,谢谢,我再试试
10楼2015-08-13 16:41:25
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
测序后比对时用blastx程序。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-08-10 11:42:24
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-10 11:42:24
测序后比对时用blastx程序。

blastX也搜索不到,是什么原因呢?也就是说这个方法应该没错是吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2015-08-10 20:51:09
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熊猫高高

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-10 11:42:24
测序后比对时用blastx程序。

我再重新设计引物试试吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2015-08-10 20:52:14
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