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lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】autodock 4.o中如何添加氧原子的参数?

计算中出现问题。如下图所示。还望 高手不吝赐教。
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

感谢回复,这是我的.gpf文件, 能具体指导一下如何添加?十分感谢


npts 40 50 60                        # num.grid points in xyz
gridfld ER.maps.fld                  # grid_data_file
spacing 0.602777777778               # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A C OA HD N             # ligand atom types
receptor ER.pdbqt                    # macromolecule
gridcenter 20.323 28.452 12.094      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map ER.A.map                         # atom-specific affinity map
map ER.C.map                         # atom-specific affinity map
map ER.OA.map                        # atom-specific affinity map
map ER.HD.map                        # atom-specific affinity map
map ER.N.map                         # atom-specific affinity map
elecmap ER.e.map                     # electrostatic potential map
dsolvmap ER.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant
3楼2008-08-16 09:05:33
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