24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1570  |  回复: 8
【奖励】 本帖被评价5次,作者zxdai增加金币 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zxdai

金虫 (正式写手)


[资源] 自己写的一个将xyz格式文件转换为fdf或者py的小工具

前一段时间,自己写了一个小工具将xyz格式的文件转换为fdf或者py,现共享给大家。

这个工具可以把
12
C6H6
C            -0.000000000     0.000000001     3.875000001
C            -0.604656877    -1.046934125     3.177000002
C            -0.604656877    -1.046934125     1.781000001
C            -0.000000000    -0.000000001     1.083000001
C             0.604656877     1.046934125     1.781000000
C             0.604656876     1.046934125     3.177000001
H            -0.000000000     0.000000000     4.958000002
H            -1.073778590    -1.859195670     3.719000002
H            -1.073778590    -1.859195671     1.239000001
H            -0.000000000    -0.000000000     0.000000000
H             1.073778590     1.859195670     1.239000000
H             1.073778590     1.859195671     3.719000001

直接转换为

SystemName          C6H6                  
SystemLabel          C6H6                  
NumberOfAtoms           12
NumberOfSpecies            2

%block ChemicalSpeciesLabel
1    6          C           
2    1          H           
%endblock ChemicalSpeciesLabel

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%endblock ChemicalSpeciesLabel
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
   0.000   0.000   3.875     1  C      1
  -0.605  -1.047   3.177     1  C      2
  -0.605  -1.047   1.781     1  C      3
   0.000   0.000   1.083     1  C      4
   0.605   1.047   1.781     1  C      5
   0.605   1.047   3.177     1  C      6
   0.000   0.000   4.958     2  H      7
  -1.074  -1.859   3.719     2  H      8
  -1.074  -1.859   1.239     2  H      9
   0.000   0.000   0.000     2  H     10
   1.074   1.859   1.239     2  H     11
   1.074   1.859   3.719     2  H     12
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

即可以直接转换为fdf文件,或者做结构优化或者做 单点能量计算。对于atk只适合于atk-2008的版本
相信对于初学者还是比较方便的。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : name-xyz-pyorfdf-cal.exe
  • 2015-07-27 20:53:29, 580.04 K
  • 附件 2 : name-xyz-pyorfdf-cal.png
  • 2015-07-27 20:53:29, 18.63 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

精华网帖收集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guo服diyi

新虫 (正式写手)


9楼2017-03-15 14:05:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

zxdai

金虫 (正式写手)


还有三个文件没有显示。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : C6H6.xyz
  • 2015-07-27 20:56:05, 718 bytes
  • 附件 2 : C6H6.fdf
  • 2015-07-27 20:56:10, 929 bytes
  • 附件 3 : C6H6_ecal.fdf
  • 2015-07-27 20:56:42, 1.1 K
2楼2015-07-27 20:56:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxdai

金虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by zxdai at 2015-07-27 20:56:52
还有三个文件没有显示。

哦,还有一个atk-2008格式的py文件也一起传上来。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : C6H6_setup.py
  • 2015-07-27 21:12:18, 1.57 K
3楼2015-07-27 21:12:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错!感谢分享!如果连代码一起分享那就更好了,这样大家都可以一起来改进了。
6楼2015-09-07 16:13:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
2015-11-29 12:25   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2015-08-26 16:12   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854求调剂 +18 门路摸摸 2026-04-15 20/1000 2026-04-16 14:40 by dingyanbo1
[考研] 291求调剂 +8 关忆北. 2026-04-14 8/400 2026-04-16 11:30 by maoqinghuijz
[考研] 一志愿沪9,生物学326求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-15 8/400 2026-04-16 10:29 by 圆心602
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 296求调剂 +12 汪!?! 2026-04-09 13/650 2026-04-15 20:01 by 学员JpLReM
[考研] 一志愿沪9,326求生物学调剂 +10 刘墨墨 2026-04-13 10/500 2026-04-14 15:16 by zs92450
[考研] 297求调剂 +23 ORCHID1 2026-04-10 26/1300 2026-04-14 13:52 by 陈皮皮
[考研] 332求调剂 +15 蕉蕉123 2026-04-10 15/750 2026-04-13 23:12 by pies112
[考研] +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 2本,初试303,0860求调剂 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 本人女孩 +7 吼吼, 2026-04-10 9/450 2026-04-11 14:45 by ACS Nano——
[考研] 085410-273求调剂 +6 X1999 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:32 by Delta2012
[考研] 农业管理302分求调剂 +3 xuening1 2026-04-10 3/150 2026-04-11 10:18 by zhq0425
[考研] 085402通信工程调剂,有4项学科竞赛国奖(电赛国二),硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 08:57 by zhq0425
[考研] 一志愿北理工298英一数二已上岸,感谢各位老师 +14 Reframe 2026-04-10 16/800 2026-04-10 23:07 by caotw2020
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +4 加大号饭盒袋 2026-04-10 4/200 2026-04-10 20:52 by gong120082
[考研] 青岛科技大学材料学院,环境学院调剂补录4月10日以前都可以 +3 1青科大。 2026-04-09 5/250 2026-04-10 09:58 by 翩翩一书生
[考研] 085601初试330分找调剂 +10 流心奶黄包l 2026-04-09 10/500 2026-04-10 08:14 by Sammy2
信息提示
请填处理意见