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自己写的一个将xyz格式文件转换为fdf或者py的小工具
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前一段时间，自己写了一个小工具将xyz格式的文件转换为fdf或者py，现共享给大家。 这个工具可以把 12 C6H6 C -0.000000000 0.000000001 3.875000001 C -0.604656877 -1.046934125 3.177000002 C -0.604656877 -1.046934125 1.781000001 C -0.000000000 -0.000000001 1.083000001 C 0.604656877 1.046934125 1.781000000 C 0.604656876 1.046934125 3.177000001 H -0.000000000 0.000000000 4.958000002 H -1.073778590 -1.859195670 3.719000002 H -1.073778590 -1.859195671 1.239000001 H -0.000000000 -0.000000000 0.000000000 H 1.073778590 1.859195670 1.239000000 H 1.073778590 1.859195671 3.719000001 直接转换为 SystemName C6H6 SystemLabel C6H6 NumberOfAtoms 12 NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 1 H %endblock ChemicalSpeciesLabel AtomicCoordinatesFormat Ang %endblock ChemicalSpeciesLabel %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.000 0.000 3.875 1 C 1 -0.605 -1.047 3.177 1 C 2 -0.605 -1.047 1.781 1 C 3 0.000 0.000 1.083 1 C 4 0.605 1.047 1.781 1 C 5 0.605 1.047 3.177 1 C 6 0.000 0.000 4.958 2 H 7 -1.074 -1.859 3.719 2 H 8 -1.074 -1.859 1.239 2 H 9 0.000 0.000 0.000 2 H 10 1.074 1.859 1.239 2 H 11 1.074 1.859 3.719 2 H 12 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 即可以直接转换为fdf文件，或者做结构优化或者做 单点能量计算。对于atk只适合于atk-2008的版本 相信对于初学者还是比较方便的。 |
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- 附件 2 : name-xyz-pyorfdf-cal.png
2015-07-27 20:53:29, 580.04 K
2015-07-27 20:53:29, 18.63 K
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6楼2015-09-07 16:13:36
| 还有三个文件没有显示。 |
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- 附件 2 : C6H6.fdf
- 附件 3 : C6H6_ecal.fdf
2015-07-27 20:56:05, 718 bytes
2015-07-27 20:56:10, 929 bytes
2015-07-27 20:56:42, 1.1 K
2楼2015-07-27 20:56:52
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哦，还有一个atk-2008格式的py文件也一起传上来。 |
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3楼2015-07-27 21:12:57
8楼2016-03-11 09:10:54
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2015-11-29 12:25
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2015-08-26 16:12
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