24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1573  |  回复: 8
【奖励】 本帖被评价5次,作者zxdai增加金币 4

zxdai

金虫 (正式写手)


[资源] 自己写的一个将xyz格式文件转换为fdf或者py的小工具

前一段时间,自己写了一个小工具将xyz格式的文件转换为fdf或者py,现共享给大家。

这个工具可以把
12
C6H6
C            -0.000000000     0.000000001     3.875000001
C            -0.604656877    -1.046934125     3.177000002
C            -0.604656877    -1.046934125     1.781000001
C            -0.000000000    -0.000000001     1.083000001
C             0.604656877     1.046934125     1.781000000
C             0.604656876     1.046934125     3.177000001
H            -0.000000000     0.000000000     4.958000002
H            -1.073778590    -1.859195670     3.719000002
H            -1.073778590    -1.859195671     1.239000001
H            -0.000000000    -0.000000000     0.000000000
H             1.073778590     1.859195670     1.239000000
H             1.073778590     1.859195671     3.719000001

直接转换为

SystemName          C6H6                  
SystemLabel          C6H6                  
NumberOfAtoms           12
NumberOfSpecies            2

%block ChemicalSpeciesLabel
1    6          C           
2    1          H           
%endblock ChemicalSpeciesLabel

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%endblock ChemicalSpeciesLabel
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
   0.000   0.000   3.875     1  C      1
  -0.605  -1.047   3.177     1  C      2
  -0.605  -1.047   1.781     1  C      3
   0.000   0.000   1.083     1  C      4
   0.605   1.047   1.781     1  C      5
   0.605   1.047   3.177     1  C      6
   0.000   0.000   4.958     2  H      7
  -1.074  -1.859   3.719     2  H      8
  -1.074  -1.859   1.239     2  H      9
   0.000   0.000   0.000     2  H     10
   1.074   1.859   1.239     2  H     11
   1.074   1.859   3.719     2  H     12
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

即可以直接转换为fdf文件,或者做结构优化或者做 单点能量计算。对于atk只适合于atk-2008的版本
相信对于初学者还是比较方便的。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : name-xyz-pyorfdf-cal.exe
  • 2015-07-27 20:53:29, 580.04 K
  • 附件 2 : name-xyz-pyorfdf-cal.png
  • 2015-07-27 20:53:29, 18.63 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

精华网帖收集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxdai

金虫 (正式写手)


还有三个文件没有显示。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : C6H6.xyz
  • 2015-07-27 20:56:05, 718 bytes
  • 附件 2 : C6H6.fdf
  • 2015-07-27 20:56:10, 929 bytes
  • 附件 3 : C6H6_ecal.fdf
  • 2015-07-27 20:56:42, 1.1 K
2楼2015-07-27 20:56:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxdai

金虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by zxdai at 2015-07-27 20:56:52
还有三个文件没有显示。

哦,还有一个atk-2008格式的py文件也一起传上来。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : C6H6_setup.py
  • 2015-07-27 21:12:18, 1.57 K
3楼2015-07-27 21:12:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错!感谢分享!如果连代码一起分享那就更好了,这样大家都可以一起来改进了。
6楼2015-09-07 16:13:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yiwuzhuxiang

铜虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

给大神点赞!!!!
8楼2016-03-11 09:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guo服diyi

新虫 (正式写手)


9楼2017-03-15 14:05:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
lkforward4楼
2015-07-28 08:39   回复  
五星好评  顶一下
2015-08-26 16:12   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
2015-11-29 12:25   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
相关版块跳转 我要订阅楼主 zxdai 的主题更新
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 6/300 2026-04-19 13:00 by Aaron_zyn
[考研] 生物学调剂 +10 纸扇zhishan 2026-04-13 10/500 2026-04-18 21:19 by zqndavala
[考研] 320求调剂 +5 深郊akm 2026-04-17 5/250 2026-04-18 19:52 by 王珺璞
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 297,工科调剂? +5 河南农业大学-能 2026-04-14 5/250 2026-04-18 15:17 by Equinoxhua
[考研] 22408 312求调剂 +24 门路摸摸 2026-04-14 26/1300 2026-04-18 13:04 by wunaiy88
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +10 否极泰来2026 2026-04-15 12/600 2026-04-17 17:54 by mapenggao
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[考博] 申博自荐 +3 Linxia林夏 2026-04-13 3/150 2026-04-16 12:55 by 墨荷之露
[考研] 通信工程求调剂!!! +6 zlb770521 2026-04-14 6/300 2026-04-15 20:00 by 学员JpLReM
[考研] 0854调剂 +13 长弓傲 2026-04-12 16/800 2026-04-15 13:45 by fenglj492
[考研] 085801电气专硕272求调剂 +19 电气李 2026-04-13 21/1050 2026-04-15 13:37 by 黑科技矿业
[考研] 297工科调剂? +14 河南农业大学-能 2026-04-13 15/750 2026-04-15 13:25 by 黑科技矿业
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 求调剂 +12 何气正 2026-04-13 13/650 2026-04-14 14:47 by zs92450
[考研] 085600材料与化工349分求调剂 +16 李木子啊哈哈 2026-04-12 17/850 2026-04-14 09:11 by fenglj492
[考研] 考研求调剂 +12 子木呐 2026-04-12 13/650 2026-04-14 01:19 by 王珺璞
[考研] 2026硕士调剂_能动_河南农业大学 +4 河南农业大学-能 2026-04-12 4/200 2026-04-13 22:01 by bljnqdcc
[考研] 297工科,求调剂? +13 河南农业大学-能 2026-04-12 13/650 2026-04-13 14:12 by dingyanbo1
信息提示
请填处理意见