| 查看: 1410 | 回复: 8 | |||
| 【奖励】 本帖被评价5次，作者zxdai增加金币 4 个 | |||
[资源]
自己写的一个将xyz格式文件转换为fdf或者py的小工具
|
|||
|
前一段时间，自己写了一个小工具将xyz格式的文件转换为fdf或者py，现共享给大家。 这个工具可以把 12 C6H6 C -0.000000000 0.000000001 3.875000001 C -0.604656877 -1.046934125 3.177000002 C -0.604656877 -1.046934125 1.781000001 C -0.000000000 -0.000000001 1.083000001 C 0.604656877 1.046934125 1.781000000 C 0.604656876 1.046934125 3.177000001 H -0.000000000 0.000000000 4.958000002 H -1.073778590 -1.859195670 3.719000002 H -1.073778590 -1.859195671 1.239000001 H -0.000000000 -0.000000000 0.000000000 H 1.073778590 1.859195670 1.239000000 H 1.073778590 1.859195671 3.719000001 直接转换为 SystemName C6H6 SystemLabel C6H6 NumberOfAtoms 12 NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 1 H %endblock ChemicalSpeciesLabel AtomicCoordinatesFormat Ang %endblock ChemicalSpeciesLabel %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.000 0.000 3.875 1 C 1 -0.605 -1.047 3.177 1 C 2 -0.605 -1.047 1.781 1 C 3 0.000 0.000 1.083 1 C 4 0.605 1.047 1.781 1 C 5 0.605 1.047 3.177 1 C 6 0.000 0.000 4.958 2 H 7 -1.074 -1.859 3.719 2 H 8 -1.074 -1.859 1.239 2 H 9 0.000 0.000 0.000 2 H 10 1.074 1.859 1.239 2 H 11 1.074 1.859 3.719 2 H 12 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 即可以直接转换为fdf文件，或者做结构优化或者做 单点能量计算。对于atk只适合于atk-2008的版本 相信对于初学者还是比较方便的。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : name-xyz-pyorfdf-cal.exe
- 附件 2 : name-xyz-pyorfdf-cal.png
2015-07-27 20:53:29, 580.04 K
2015-07-27 20:53:29, 18.63 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 精华网帖收集 |
» 猜你喜欢
真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有3人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有14人回复
-
三甲基碘化亚砜的氧化反应
已经有4人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
利用Excel数据前处理，结合1stopt数据自定义拟合初值，美美origin数据作图分析！
已经有72人回复- 【求助】DDscat软件中关于获得target的lab frame坐标系中坐标的问题
已经有6人回复
- 使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
已经有12人回复
- 【转】（已搜索无重复）LAMMPS中fix ave spatial空间平均命令中文版
已经有26人回复
- 美国传播学PHD申请经验终极分享（ZT）
已经有5人回复
- 使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
已经有17人回复
- xtd转换为xyz坐标，可使用vmd打开
已经有18人回复
- 利用VNL-2008.10构建体系，并导出为xyz格式的方法
已经有7人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
| 还有三个文件没有显示。 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : C6H6.xyz
- 附件 2 : C6H6.fdf
- 附件 3 : C6H6_ecal.fdf
2015-07-27 20:56:05, 718 bytes
2015-07-27 20:56:10, 929 bytes
2015-07-27 20:56:42, 1.1 K
2楼2015-07-27 20:56:52
|
哦，还有一个atk-2008格式的py文件也一起传上来。 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : C6H6_setup.py
2015-07-27 21:12:18, 1.57 K
3楼2015-07-27 21:12:57
6楼2015-09-07 16:13:36
8楼2016-03-11 09:10:54
9楼2017-03-15 14:05:52
简单回复
2015-07-28 08:39
回复
五星好评 顶一下
2015-08-26 16:12
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2015-11-29 12:25
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！