应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？
91/1返回列表
查看: 2985  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

as23p

木虫 (小有名气)

[求助] IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？ 已有1人参与

刚刚想用 autodock4.2.6 算算ceruloplasmin，pdb文件请见附件，然后生成pdbqt时显示：
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 179, in <module>
    dict=dictionary)   
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 560, in __init__
    version=version, delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 126, in __init__
    self.repairMol(mol, self.repair_type_list)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 176, in repairMol
    self.newHs = self.addHydrogens(mol)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 189, in addHydrogens
    HB.addHydrogens(mol)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/MolKit/hydrogenBuilder.py", line 81, in addHydrogens
    hat = AddHydrogens().addHydrogens(mol.allAtoms, method=self.method)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 92, in addHydrogens
    Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 149, in place_hydrogens1
    Hat = Hat + self.add_methyl_hydrogen(a, SP3_O_H_DIST)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 303, in add_methyl_hydrogen
    c3 = atom2.bonds[1].atom1.coords
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/lib/python2.5/UserList.py", line 28, in __getitem__
    def __getitem__(self, i): return self.data
IndexError: list index out of range
是什么原因呢？
这个蛋白质很大，有一千多residue，是因为太大了吗？我把999以后的基团全删了就没这个错误了，但不想这么干，请问有没有别的办法？
因为我估计是autodock无法读取四位数的index，不知是不是这个原因，以及能不能改？
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : cerulo.pdb
    • 2015-07-24 15:22:27, 652.73 K

» 猜你喜欢
1楼 2015-07-24 15:27:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)
您好，我想问您一下，用Autodock 进行分子对接，如何选定要对接的区域?恳请您能帮帮忙！非常感谢
赞一下 回复此楼
人生如茶，不会苦一辈子，但会苦一阵子！
2楼2015-07-24 16:46:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

as23p

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 蓝洋飘雪 at 2015-07-24 16:46:43
您好，我想问您一下，用Autodock 进行分子对接，如何选定要对接的区域?恳请您能帮帮忙！非常感谢

起始位置基本上是用眼看的，然后把盒子尽量做大
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-24 17:08:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
换一个版本试试，用1.5.6
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-25 11:03:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

as23p

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-07-25 11:03:47
换一个版本试试，用1.5.6

就是用的1.5.6
回复此楼
5楼2015-07-25 11:31:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2015-07-28 10:51:53
引用回帖:
5楼: Originally posted by as23p at 2015-07-25 11:31:33
就是用的1.5.6...

没有问题的，是不是你的路径中有中文？
IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？
1.png
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-25 19:22:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

as23p

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pymol at 2015-07-25 19:22:37
没有问题的，是不是你的路径中有中文？

1.png
...

没有中文。。。问题是出在加氢的时候，莫非你的可以顺利生成 pdbqt 文件？
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-26 13:23:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

as23p

木虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢分享问题解决方案！ 2015-07-28 10:51:59
月只蓝: 回帖置顶 2015-07-28 10:52:02
找到原因了，看起来是分子内结晶水和O2造成的问题。。。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2015-07-28 10:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小zxx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by as23p at 2015-07-28 10:07:18
找到原因了，看起来是分子内结晶水和O2造成的问题。。。

楼主 请问最后这个问题您是怎么解决的 谢谢
赞一下 回复此楼
9楼2016-12-04 16:11:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 as23p 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:47 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:46 by vs90ilomwc
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 5/250 2026-02-08 08:32 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:27 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:26 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:12 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:07 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 08:06 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:52 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:32 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:27 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:26 by vs90ilomwc
[硕博家园] 博士延得我，科研能力直往上蹿 +8 偏振片 2026-02-02 8/400 2026-02-08 06:52 by liyeqik
[教师之家] 有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车 +7 瞬息宇宙 2026-02-04 7/350 2026-02-07 21:47 by tfang
[有机交流] 酰胺脱乙酰基 10+5 chibby 2026-02-03 12/600 2026-02-07 19:29 by 江东闲人
[基金申请] 同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗 +4 hitsdu 2026-02-06 4/200 2026-02-07 13:07 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福 +9 苏东坡二世 2026-02-04 10/500 2026-02-07 12:37 by 小毛球
[考博] 天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人） +4 a793625982 2026-02-05 5/250 2026-02-07 10:57 by a793625982
[公派出国] CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优 +4 雨念 2026-02-01 6/300 2026-02-06 23:32 by MelissaPon
[教师之家] 遇见不省心的家人很难过 +18 otani 2026-02-03 22/1100 2026-02-04 11:06 by tangmnt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭