| 查看: 3223 | 回复: 8 | ||
[求助]
IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？ 已有1人参与
|
||
|
刚刚想用 autodock4.2.6 算算ceruloplasmin，pdb文件请见附件，然后生成pdbqt时显示： Traceback (most recent call last): File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 179, in <module> dict=dictionary) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 560, in __init__ version=version, delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 126, in __init__ self.repairMol(mol, self.repair_type_list) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 176, in repairMol self.newHs = self.addHydrogens(mol) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 189, in addHydrogens HB.addHydrogens(mol) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/MolKit/hydrogenBuilder.py", line 81, in addHydrogens hat = AddHydrogens().addHydrogens(mol.allAtoms, method=self.method) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 92, in addHydrogens Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 149, in place_hydrogens1 Hat = Hat + self.add_methyl_hydrogen(a, SP3_O_H_DIST) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 303, in add_methyl_hydrogen c3 = atom2.bonds[1].atom1.coords File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/lib/python2.5/UserList.py", line 28, in __getitem__ def __getitem__(self, i): return self.data IndexError: list index out of range 是什么原因呢？ 这个蛋白质很大，有一千多residue，是因为太大了吗？我把999以后的基团全删了就没这个错误了，但不想这么干，请问有没有别的办法？ 因为我估计是autodock无法读取四位数的index，不知是不是这个原因，以及能不能改？ |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : cerulo.pdb
2015-07-24 15:22:27, 652.73 K
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
8楼2015-07-28 10:07:18
蓝洋飘雪
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2455.2
- 散金: 14
- 红花: 3
- 帖子: 230
- 在线: 41.3小时
- 虫号: 3581025
- 注册: 2014-12-07
- 性别: MM
- 专业: 兽医药理学与毒理学
2楼2015-07-24 16:46:43
3楼2015-07-24 17:08:45
4楼2015-07-25 11:03:47
5楼2015-07-25 11:31:33
6楼2015-07-25 19:22:37
7楼2015-07-26 13:23:23
9楼2016-12-04 16:11:09
20