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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？
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as23p

木虫 (小有名气)

[求助] IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？ 已有1人参与

刚刚想用 autodock4.2.6 算算ceruloplasmin，pdb文件请见附件，然后生成pdbqt时显示：
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 179, in <module>
    dict=dictionary)   
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 560, in __init__
    version=version, delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 126, in __init__
    self.repairMol(mol, self.repair_type_list)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 176, in repairMol
    self.newHs = self.addHydrogens(mol)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 189, in addHydrogens
    HB.addHydrogens(mol)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/MolKit/hydrogenBuilder.py", line 81, in addHydrogens
    hat = AddHydrogens().addHydrogens(mol.allAtoms, method=self.method)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 92, in addHydrogens
    Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 149, in place_hydrogens1
    Hat = Hat + self.add_methyl_hydrogen(a, SP3_O_H_DIST)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 303, in add_methyl_hydrogen
    c3 = atom2.bonds[1].atom1.coords
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/lib/python2.5/UserList.py", line 28, in __getitem__
    def __getitem__(self, i): return self.data
IndexError: list index out of range
是什么原因呢？
这个蛋白质很大，有一千多residue，是因为太大了吗？我把999以后的基团全删了就没这个错误了，但不想这么干，请问有没有别的办法？
因为我估计是autodock无法读取四位数的index，不知是不是这个原因，以及能不能改？
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  • 附件 1 : cerulo.pdb
    • 2015-07-24 15:22:27, 652.73 K

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1楼 2015-07-24 15:27:42
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as23p

木虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢分享问题解决方案！ 2015-07-28 10:51:59
月只蓝: 回帖置顶 2015-07-28 10:52:02
找到原因了，看起来是分子内结晶水和O2造成的问题。。。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2015-07-28 10:07:18
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普通回帖

蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)
您好，我想问您一下，用Autodock 进行分子对接，如何选定要对接的区域?恳请您能帮帮忙！非常感谢
赞一下 回复此楼
人生如茶，不会苦一辈子，但会苦一阵子！
2楼2015-07-24 16:46:43
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as23p

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 蓝洋飘雪 at 2015-07-24 16:46:43
您好，我想问您一下，用Autodock 进行分子对接，如何选定要对接的区域?恳请您能帮帮忙！非常感谢

起始位置基本上是用眼看的，然后把盒子尽量做大
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-24 17:08:45
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
换一个版本试试，用1.5.6
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4楼2015-07-25 11:03:47
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as23p

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-07-25 11:03:47
换一个版本试试，用1.5.6

就是用的1.5.6
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5楼2015-07-25 11:31:33
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2015-07-28 10:51:53
引用回帖:
5楼: Originally posted by as23p at 2015-07-25 11:31:33
就是用的1.5.6...

没有问题的，是不是你的路径中有中文？
IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？
1.png
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6楼2015-07-25 19:22:37
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as23p

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pymol at 2015-07-25 19:22:37
没有问题的，是不是你的路径中有中文？

1.png
...

没有中文。。。问题是出在加氢的时候，莫非你的可以顺利生成 pdbqt 文件？
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7楼2015-07-26 13:23:23
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小小zxx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by as23p at 2015-07-28 10:07:18
找到原因了，看起来是分子内结晶水和O2造成的问题。。。

楼主 请问最后这个问题您是怎么解决的 谢谢
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9楼2016-12-04 16:11:09
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