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as23p

木虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 905.6
帖子: 273
在线: 43.5小时
虫号: 340489
注册: 2007-04-07
性别: GG
专业: 基础物理学

[求助] IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？已有1人参与

刚刚想用 autodock4.2.6 算算ceruloplasmin，pdb文件请见附件，然后生成pdbqt时显示：
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 179, in <module>
dict=dictionary)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 560, in __init__
version=version, delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 126, in __init__
self.repairMol(mol, self.repair_type_list)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 176, in repairMol
self.newHs = self.addHydrogens(mol)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 189, in addHydrogens
HB.addHydrogens(mol)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/MolKit/hydrogenBuilder.py", line 81, in addHydrogens
hat = AddHydrogens().addHydrogens(mol.allAtoms, method=self.method)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 92, in addHydrogens
Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 149, in place_hydrogens1
Hat = Hat + self.add_methyl_hydrogen(a, SP3_O_H_DIST)
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 303, in add_methyl_hydrogen
c3 = atom2.bonds[1].atom1.coords
  File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/lib/python2.5/UserList.py", line 28, in __getitem__
def __getitem__(self, i): return self.data
IndexError: list index out of range
是什么原因呢？
这个蛋白质很大，有一千多residue，是因为太大了吗？我把999以后的基团全删了就没这个错误了，但不想这么干，请问有没有别的办法？
因为我估计是autodock无法读取四位数的index，不知是不是这个原因，以及能不能改？

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