| 查看: 3197 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
IndexError: list index out of range，因为蛋白质过大？ 已有1人参与
|
||
|
刚刚想用 autodock4.2.6 算算ceruloplasmin，pdb文件请见附件，然后生成pdbqt时显示： Traceback (most recent call last): File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 179, in <module> dict=dictionary) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 560, in __init__ version=version, delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 126, in __init__ self.repairMol(mol, self.repair_type_list) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 176, in repairMol self.newHs = self.addHydrogens(mol) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 189, in addHydrogens HB.addHydrogens(mol) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/MolKit/hydrogenBuilder.py", line 81, in addHydrogens hat = AddHydrogens().addHydrogens(mol.allAtoms, method=self.method) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 92, in addHydrogens Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 149, in place_hydrogens1 Hat = Hat + self.add_methyl_hydrogen(a, SP3_O_H_DIST) File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/MGLToolsPckgs/PyBabel/addh.py", line 303, in add_methyl_hydrogen c3 = atom2.bonds[1].atom1.coords File "/home/zhangss/suotc/x86_64Linux2/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/lib/python2.5/UserList.py", line 28, in __getitem__ def __getitem__(self, i): return self.data IndexError: list index out of range 是什么原因呢？ 这个蛋白质很大，有一千多residue，是因为太大了吗？我把999以后的基团全删了就没这个错误了，但不想这么干，请问有没有别的办法？ 因为我估计是autodock无法读取四位数的index，不知是不是这个原因，以及能不能改？ |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : cerulo.pdb
2015-07-24 15:22:27, 652.73 K
» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有8人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
-
青基如何破局
已经有7人回复
-
基金不中，共勉
已经有10人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有11人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有6人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有6人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有5人回复
-
梦想
已经有3人回复
9楼2016-12-04 16:11:09
蓝洋飘雪
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2455.2
- 散金: 14
- 红花: 3
- 帖子: 230
- 在线: 41.3小时
- 虫号: 3581025
- 注册: 2014-12-07
- 性别: MM
- 专业: 兽医药理学与毒理学
2楼2015-07-24 16:46:43
3楼2015-07-24 17:08:45
4楼2015-07-25 11:03:47
10