| 查看: 3540 | 回复: 2 | ||
syn1985木虫 (正式写手)
|
[求助]
在NCBI中知道蛋白序列，如何找到该基因的上下游序列？ 已有1人参与
|
小虫我是做链霉菌的，NCBI里面有很多相关的基因组信息，我想看看Streptomyces sp. Amel2xE9的WP_019980710.1蛋白对应的基因组中的上下游核苷酸序列，该菌株基因组信息已经公布了，但是数据太庞大了，不知道该如何找到想要的信息，跪求各位大牛 |
回复此楼» 猜你喜欢
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有108人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-07-22 17:39:21
syn1985: 金币+30, ★★★很有帮助 2015-07-22 18:32:21
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-07-22 17:39:21
syn1985: 金币+30, ★★★很有帮助 2015-07-22 18:32:21
| 选择tblastn程序，database选择refseq-genomic，搜索框中输入该蛋白序列或直接输入该蛋白的登录号WP_019980710，在下面organism框中输入该菌株名称，点击blast，结果的第一条就是该蛋白对应的核酸序列，查看第一条比对结果，可以看到，该蛋白在该核酸序列中的对应位置是81011-71259，而该段核酸总长度为256256，下载该序列，蛋白对应序列上下游序列就都有了。 |
2楼2015-07-22 17:22:31
syn1985
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 3
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 2765.5
- 散金: 60
- 红花: 3
- 帖子: 578
- 在线: 273.2小时
- 虫号: 463029
- 注册: 2007-11-19
- 性别: MM
- 专业: 病原细菌与放线菌生物学
3楼2015-07-22 18:32:22