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syn1985木虫 (正式写手)
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[求助]
在NCBI中知道蛋白序列，如何找到该基因的上下游序列？ 已有1人参与
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小虫我是做链霉菌的，NCBI里面有很多相关的基因组信息，我想看看Streptomyces sp. Amel2xE9的WP_019980710.1蛋白对应的基因组中的上下游核苷酸序列，该菌株基因组信息已经公布了，但是数据太庞大了，不知道该如何找到想要的信息，跪求各位大牛 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-07-22 17:39:21
syn1985: 金币+30, ★★★很有帮助 2015-07-22 18:32:21
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syn1985: 金币+30, ★★★很有帮助 2015-07-22 18:32:21
| 选择tblastn程序，database选择refseq-genomic，搜索框中输入该蛋白序列或直接输入该蛋白的登录号WP_019980710，在下面organism框中输入该菌株名称，点击blast，结果的第一条就是该蛋白对应的核酸序列，查看第一条比对结果，可以看到，该蛋白在该核酸序列中的对应位置是81011-71259，而该段核酸总长度为256256，下载该序列，蛋白对应序列上下游序列就都有了。 |
2楼2015-07-22 17:22:31
syn1985
木虫 (正式写手)
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- 专业: 病原细菌与放线菌生物学
3楼2015-07-22 18:32:22
