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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2
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jane8556

金虫 (正式写手)

[求助] 困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2 已有4人参与

大家好，这个问题困扰了我很长时间，请大家帮我看看是哪里的问题吧，多谢。
问题是这样的，我想模拟水溶液环境下纳米物质在SiO2表面的吸附。但是程序运行的时候总是丢失原子，而且我发现是SiO2变形较大，因而我首先判断是SiO2的问题。所以我将SiO2单独拿出来模拟。首先怀疑是两方面原因，一个是初始模型不合理，因而我试用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同时也将模型的大小做了一些调整，例如试用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一个是势函数不合理，因而我试用了BKS，tersoff及comb势，其中BKS也采用了table。但是结果仍然不合理。我将其中一组模拟结果黏贴在附件里，有两张图片，第一张是初始构型，第二张是运行50000步之后的结构。请大家帮忙，谢谢！图片直接上传不上去，给大家造成的麻烦请谅解
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1楼 2015-07-17 16:13:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

oxox6085

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jane8556: 金币+30, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:47:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by jane8556 at 2015-07-18 02:46:36
谢谢你，你好专业，上面我可能没说清楚，刚开始是原子丢失，最后将盒子大小变大一点就不出现这个问题了，但是SiO2结构的变形非常大，所以我猜测是势函数的问题，你觉得呢？...

建议你贴一下你的input文件，不然很难通过那两个图片看清楚原因。
SiO2的BKS和tersoff的势我都算过，没有出现你那种情况，应该是你哪里输入出错了
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有些事情可能只有计算机模拟能告诉我们答案
6楼2015-07-20 19:02:39
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普通回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jane8556: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:46:50
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧！个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的，模拟区域的大小只影响计算的模拟时间，怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上就讲不通，建议：不要意味的用软件，好好的把道理想明白。目的搞清楚。软件中的细节弄明白。一知半解自然错误多多。
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jane8556
2楼2015-07-18 08:39:15
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jane8556

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-07-18 08:39:15
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧！个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的，模拟区域的大小只影响计算的模拟时间，怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上 ...

谢谢你，你好专业，上面我可能没说清楚，刚开始是原子丢失，最后将盒子大小变大一点就不出现这个问题了，但是SiO2结构的变形非常大，所以我猜测是势函数的问题，你觉得呢？
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3楼2015-07-18 09:46:36
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jane8556: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:47:10
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束（即施加一个简谐势能），因为你模拟的是在表面的吸附过程，只要表面是不受约束的即可
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
4楼2015-07-18 12:57:12
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jane8556

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-07-18 12:57:12
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束（即施加一个简谐势能），因为你模拟的是在表面的吸附过程，只要表面是不受约束的即可

请问施加简谐势能就是对它的键长进行固定吗？
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5楼2015-07-19 20:46:30
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oooofish

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jane8556: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:59:04
Can't type Chinese in this computer, not on purpose. I also think something must be wrong in the input file. I simulated SiO2 by BKS and Charmm force field, and the structure was ok. And also, can you visualize the structure by using VDW? It's hard to see what happens from the snapshot you pasted.
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7楼2015-07-21 02:50:21
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oxox6085

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by oooofish at 2015-07-20 19:50:21
Can't type Chinese in this computer, not on purpose. I also think something must be wrong in the input file. I simulated SiO2 by BKS and Charmm force field, and the structure was ok. And  ...

TA用的就是VMD，不过选择的是line。。。所以乱线飞舞～～
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有些事情可能只有计算机模拟能告诉我们答案
8楼2015-07-21 04:05:15
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jane8556

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by oxox6085 at 2015-07-20 19:02:39
建议你贴一下你的input文件，不然很难通过那两个图片看清楚原因。
SiO2的BKS和tersoff的势我都算过，没有出现你那种情况，应该是你哪里输入出错了...

您好，麻烦再帮我看看行吗？
我把input和data文件贴在下面：
dimension       3
boundary        p p p
units           metal
atom_style      full
read_data       data.deposition

# Buck potentials
pair_style hybrid buck/coul/long 11.0 lj/cut 12.0
kspace_style  pppm 1.0e-4
kspace_modify mesh 24 24 30 order 6
pair_coeff 1 1 buck/coul/long 1388.7730 0.3623 175.000
pair_coeff 1 2 buck/coul/long 18003.7572 0.2052  133.5381
pair_coeff 2 2 lj/cut 0.0 0.0

neighbor        2.0 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
velocity        all create 100.0 9999999 rot yes dist gaussian


fix 1 all nvt temp 100.0 100.0 0.01 drag 2.0

restart 50000 restart.*.zuizhong
timestep         0.00001

thermo_style custom step temp press etotal ke pe  
thermo                 100

dump            1 all custom 100 dump.deposition1 type x y z  
run             100000
#######################################
data file:
LAMMPS Atom File(deposition)

         6075 atoms
         0 bonds
         0 angles
            0 dihedrals
            0 impropers

        2 atom types
        0 bond types
        0 angle types
        0 dihedral types

    5.108 74.253  xlo xhi
     2.943 116.85  ylo yhi
     3.897 25.474  zlo zhi
-36.825 0.0 0.0 xy xz yz
Masses

      1     15.9994
      2     28.0900
      
Atoms

1        1        2        2.4        10.153        42.767        6.897
2        1        1        -1.2        8.747        43.254        7.526
3        1        2        2.4        10.316        40.312        10.498
4        1        1        -1.2        10.597        43.762        11.128
5        1        2        2.4        8.108        44.136        8.698
6        1        1        -1.2        9.233        45.11        9.327
7        1        1        -1.2        9.872        41.307        11.67
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71        1        1        -1.2        11.236        52.476        13.47
.............................................................................
SiO2的势函数为tersoff时，将势函数类型及参数变动如下：
pair_style tersoff
pair_coeff * * SiO.tersoff Si O
麻烦帮我看看是否正确，多谢！
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9楼2015-09-17 09:58:33
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snowislands

新虫 (初入文坛)
你用的MS软件自己写代码计算吗？
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10楼2015-12-28 20:24:07
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