24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2595  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jane8556

金虫 (正式写手)

[求助] 困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2 已有4人参与

大家好,这个问题困扰了我很长时间,请大家帮我看看是哪里的问题吧,多谢。
问题是这样的,我想模拟水溶液环境下纳米物质在SiO2表面的吸附。但是程序运行的时候总是丢失原子,而且我发现是SiO2变形较大,因而我首先判断是SiO2的问题。所以我将SiO2单独拿出来模拟。首先怀疑是两方面原因,一个是初始模型不合理,因而我试用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型,同时也将模型的大小做了一些调整,例如试用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一个是势函数不合理,因而我试用了BKS,tersoff及comb势,其中BKS也采用了table。但是结果仍然不合理。我将其中一组模拟结果黏贴在附件里,有两张图片,第一张是初始构型,第二张是运行50000步之后的结构。请大家帮忙,谢谢!图片直接上传不上去,给大家造成的麻烦请谅解
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 1.jpg
  • 2015-07-17 16:13:45, 688.83 K
  • 附件 2 : 2.jpg
  • 2015-07-17 16:13:53, 688.83 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jane8556: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:47:10
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束(即施加一个简谐势能),因为你模拟的是在表面的吸附过程,只要表面是不受约束的即可
只做不说,明知没地位,坚信有机会
4楼2015-07-18 12:57:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jane8556: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:46:50
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧!个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的,模拟区域的大小只影响计算的模拟时间,怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上就讲不通,建议:不要意味的用软件,好好的把道理想明白。目的搞清楚。软件中的细节弄明白。一知半解自然错误多多。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-07-18 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jane8556

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-07-18 08:39:15
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧!个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的,模拟区域的大小只影响计算的模拟时间,怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上 ...

谢谢你,你好专业,上面我可能没说清楚,刚开始是原子丢失,最后将盒子大小变大一点就不出现这个问题了,但是SiO2结构的变形非常大,所以我猜测是势函数的问题,你觉得呢?
3楼2015-07-18 09:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jane8556

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-07-18 12:57:12
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束(即施加一个简谐势能),因为你模拟的是在表面的吸附过程,只要表面是不受约束的即可

请问施加简谐势能就是对它的键长进行固定吗?
5楼2015-07-19 20:46:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +6 白QF 2026-03-21 7/350 2026-03-28 00:42 by 白QF
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +5 1428151015 2026-03-27 5/250 2026-03-27 22:17 by 无际的草原
[考研] 295求调剂 +4 1428151015 2026-03-27 5/250 2026-03-27 19:53 by JourneyLucky
[考研] 286求调剂 +8 PolarBear11 2026-03-26 8/400 2026-03-27 18:05 by yu221
[考研] 272求调剂 +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-27 17:23 by laoshidan
[考研] 287求调剂 +10 land xuxu 2026-03-26 10/500 2026-03-27 15:33 by 帕尔马拉特
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 12/600 2026-03-27 14:43 by shangxh
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 359求调剂 +4 王了个楠 2026-03-25 4/200 2026-03-27 08:43 by 不吃魚的貓
[考研] 349求调剂 +5 杰斯塔里斯 2026-03-21 5/250 2026-03-27 00:31 by wxiongid
[考研] 342求调剂 +3 加油a李zs 2026-03-26 3/150 2026-03-27 00:29 by wxiongid
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 086000生物与医药292求调剂 +6 小小陈小小 2026-03-22 9/450 2026-03-26 15:58 by dick_runner
[考研] 考研调剂 +6 来好运来来来 2026-03-21 7/350 2026-03-25 22:43 by 418490947
[考研] 各位老师您好:本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 277分求调剂,跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 384求调剂 +3 子系博 2026-03-22 6/300 2026-03-23 21:45 by 子系博
[论文投稿] 急发核心期刊论文 +3 贤达问津 2026-03-23 5/250 2026-03-23 17:13 by 妹子不好惹
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:09 by 星空星月
信息提示
请填处理意见