应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2
51/1返回列表
查看: 2592  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jane8556

金虫 (正式写手)

[求助] 困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2 已有4人参与

大家好，这个问题困扰了我很长时间，请大家帮我看看是哪里的问题吧，多谢。
问题是这样的，我想模拟水溶液环境下纳米物质在SiO2表面的吸附。但是程序运行的时候总是丢失原子，而且我发现是SiO2变形较大，因而我首先判断是SiO2的问题。所以我将SiO2单独拿出来模拟。首先怀疑是两方面原因，一个是初始模型不合理，因而我试用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同时也将模型的大小做了一些调整，例如试用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一个是势函数不合理，因而我试用了BKS，tersoff及comb势，其中BKS也采用了table。但是结果仍然不合理。我将其中一组模拟结果黏贴在附件里，有两张图片，第一张是初始构型，第二张是运行50000步之后的结构。请大家帮忙，谢谢！图片直接上传不上去，给大家造成的麻烦请谅解
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 1.jpg
    • 2015-07-17 16:13:45, 688.83 K
  • 附件 2 : 2.jpg
    • 2015-07-17 16:13:53, 688.83 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-07-17 16:13:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jane8556: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:47:10
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束（即施加一个简谐势能），因为你模拟的是在表面的吸附过程，只要表面是不受约束的即可
赞一下 回复此楼
只做不说，明知没地位，坚信有机会
4楼2015-07-18 12:57:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jane8556: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:46:50
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧！个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的，模拟区域的大小只影响计算的模拟时间，怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上就讲不通，建议：不要意味的用软件，好好的把道理想明白。目的搞清楚。软件中的细节弄明白。一知半解自然错误多多。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jane8556
2楼2015-07-18 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jane8556

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-07-18 08:39:15
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧！个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的，模拟区域的大小只影响计算的模拟时间，怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上 ...

谢谢你，你好专业，上面我可能没说清楚，刚开始是原子丢失，最后将盒子大小变大一点就不出现这个问题了，但是SiO2结构的变形非常大，所以我猜测是势函数的问题，你觉得呢？
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-18 09:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jane8556

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-07-18 12:57:12
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束（即施加一个简谐势能），因为你模拟的是在表面的吸附过程，只要表面是不受约束的即可

请问施加简谐势能就是对它的键长进行固定吗？
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-19 20:46:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +6 18419759900 2026-03-25 6/300 2026-03-26 13:58 by 催化大白
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +5 晨昏线与星海 2026-03-20 5/250 2026-03-26 13:47 by 一直走不要停
[考研] 0856求调剂 +8 zhn03 2026-03-25 9/450 2026-03-26 13:42 by zzll406
[考研] 一志愿哈工大，085400，320，求调剂 +4 gdlf9999 2026-03-24 4/200 2026-03-25 23:01 by boxking200
[考研] 316求调剂 +9 梁茜雯 2026-03-19 9/450 2026-03-25 23:01 by peike
[考研] 308求调剂 +5 墨墨漠 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:19 by 544594351
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 340求调剂 +5 话梅糖111 2026-03-24 5/250 2026-03-25 06:53 by ilovexiaobin
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
[考研] 277分求调剂，跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 361求调剂 +3 Glack 2026-03-22 3/150 2026-03-23 22:03 by fuyu_
[考研] 350求调剂 +6 weudhdk 2026-03-19 6/300 2026-03-23 15:47 by tangyuan0840221
[考研] 材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂 +4 幸运的酱酱 2026-03-22 5/250 2026-03-22 20:15 by edmund7
[考研] 324求调剂 +6 lucky呀呀呀鸭 2026-03-20 6/300 2026-03-22 16:01 by ColorlessPI
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考研] 269专硕求调剂 +6 金恩贝 2026-03-21 6/300 2026-03-22 14:31 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 一志愿深大，0703化学，总分302，求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭