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[求助]
困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2 已有4人参与
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大家好，这个问题困扰了我很长时间，请大家帮我看看是哪里的问题吧，多谢。 问题是这样的，我想模拟水溶液环境下纳米物质在SiO2表面的吸附。但是程序运行的时候总是丢失原子，而且我发现是SiO2变形较大，因而我首先判断是SiO2的问题。所以我将SiO2单独拿出来模拟。首先怀疑是两方面原因，一个是初始模型不合理，因而我试用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同时也将模型的大小做了一些调整，例如试用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一个是势函数不合理，因而我试用了BKS，tersoff及comb势，其中BKS也采用了table。但是结果仍然不合理。我将其中一组模拟结果黏贴在附件里，有两张图片，第一张是初始构型，第二张是运行50000步之后的结构。请大家帮忙，谢谢！图片直接上传不上去，给大家造成的麻烦请谅解 |
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2015-07-17 16:13:45, 688.83 K
2015-07-17 16:13:53, 688.83 K
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【答案】应助回帖
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jane8556: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:59:04
jane8556: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:59:04
 Can't type Chinese in this computer, not on purpose . I also think something must be wrong in the input file. I simulated SiO2 by BKS and Charmm force field, and the structure was ok. And also, can you visualize the structure by using VDW? It's hard to see what happens from the snapshot you pasted. |
7楼2015-07-21 02:50:21
chuntao118
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jane85562楼2015-07-18 08:39:15
3楼2015-07-18 09:46:36
声梦奇缘001
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4楼2015-07-18 12:57:12