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[求助]
困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2 已有4人参与
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大家好，这个问题困扰了我很长时间，请大家帮我看看是哪里的问题吧，多谢。 问题是这样的，我想模拟水溶液环境下纳米物质在SiO2表面的吸附。但是程序运行的时候总是丢失原子，而且我发现是SiO2变形较大，因而我首先判断是SiO2的问题。所以我将SiO2单独拿出来模拟。首先怀疑是两方面原因，一个是初始模型不合理，因而我试用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同时也将模型的大小做了一些调整，例如试用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一个是势函数不合理，因而我试用了BKS，tersoff及comb势，其中BKS也采用了table。但是结果仍然不合理。我将其中一组模拟结果黏贴在附件里，有两张图片，第一张是初始构型，第二张是运行50000步之后的结构。请大家帮忙，谢谢！图片直接上传不上去，给大家造成的麻烦请谅解 |
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2015-07-17 16:13:45, 688.83 K
2015-07-17 16:13:53, 688.83 K
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您好，麻烦再帮我看看行吗？ 我把input和data文件贴在下面： dimension 3 boundary p p p units metal atom_style full read_data data.deposition # Buck potentials pair_style hybrid buck/coul/long 11.0 lj/cut 12.0 kspace_style pppm 1.0e-4 kspace_modify mesh 24 24 30 order 6 pair_coeff 1 1 buck/coul/long 1388.7730 0.3623 175.000 pair_coeff 1 2 buck/coul/long 18003.7572 0.2052 133.5381 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.0 0.0 neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 delay 0 check yes velocity all create 100.0 9999999 rot yes dist gaussian fix 1 all nvt temp 100.0 100.0 0.01 drag 2.0 restart 50000 restart.*.zuizhong timestep 0.00001 thermo_style custom step temp press etotal ke pe thermo 100 dump 1 all custom 100 dump.deposition1 type x y z run 100000 ####################################### data file: LAMMPS Atom File(deposition) 6075 atoms 0 bonds 0 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 0 bond types 0 angle types 0 dihedral types 5.108 74.253 xlo xhi 2.943 116.85 ylo yhi 3.897 25.474 zlo zhi -36.825 0.0 0.0 xy xz yz Masses 1 15.9994 2 28.0900 Atoms 1 1 2 2.4 10.153 42.767 6.897 2 1 1 -1.2 8.747 43.254 7.526 3 1 2 2.4 10.316 40.312 10.498 4 1 1 -1.2 10.597 43.762 11.128 5 1 2 2.4 8.108 44.136 8.698 6 1 1 -1.2 9.233 45.11 9.327 7 1 1 -1.2 9.872 41.307 11.67 8 1 1 -1.2 11.236 42.656 8.068 9 1 1 -1.2 11.722 40.799 9.869 10 1 2 2.4 10.153 42.767 12.299 11 1 1 -1.2 8.747 43.254 12.928 12 1 2 2.4 10.316 40.312 15.9 13 1 1 -1.2 10.597 43.762 16.53 14 1 2 2.4 8.108 44.136 14.1 15 1 1 -1.2 9.233 45.11 14.729 16 1 1 -1.2 9.872 41.307 17.072 17 1 1 -1.2 11.236 42.656 13.47 18 1 1 -1.2 11.722 40.799 15.271 19 1 2 2.4 10.153 42.767 17.701 20 1 1 -1.2 8.747 43.254 18.33 21 1 2 2.4 10.316 40.312 21.302 22 1 1 -1.2 10.597 43.762 21.932 23 1 2 2.4 8.108 44.136 19.502 24 1 1 -1.2 9.233 45.11 20.131 25 1 1 -1.2 9.872 41.307 22.474 26 1 1 -1.2 11.236 42.656 18.872 27 1 1 -1.2 11.722 40.799 20.673 28 1 2 2.4 10.153 47.678 6.897 29 1 1 -1.2 8.747 48.165 7.526 30 1 2 2.4 10.316 45.223 10.498 31 1 1 -1.2 10.597 48.672 11.128 32 1 2 2.4 8.108 49.047 8.698 33 1 1 -1.2 9.233 50.021 9.327 34 1 1 -1.2 9.872 46.217 11.67 35 1 1 -1.2 11.236 47.566 8.068 36 1 1 -1.2 11.722 45.71 9.869 37 1 2 2.4 10.153 47.678 12.299 38 1 1 -1.2 8.747 48.165 12.928 39 1 2 2.4 10.316 45.223 15.9 40 1 1 -1.2 10.597 48.672 16.53 41 1 2 2.4 8.108 49.047 14.1 42 1 1 -1.2 9.233 50.021 14.729 43 1 1 -1.2 9.872 46.217 17.072 44 1 1 -1.2 11.236 47.566 13.47 45 1 1 -1.2 11.722 45.71 15.271 46 1 2 2.4 10.153 47.678 17.701 47 1 1 -1.2 8.747 48.165 18.33 48 1 2 2.4 10.316 45.223 21.302 49 1 1 -1.2 10.597 48.672 21.932 50 1 2 2.4 8.108 49.047 19.502 51 1 1 -1.2 9.233 50.021 20.131 52 1 1 -1.2 9.872 46.217 22.474 53 1 1 -1.2 11.236 47.566 18.872 54 1 1 -1.2 11.722 45.71 20.673 55 1 2 2.4 10.153 52.588 6.897 56 1 1 -1.2 8.747 53.075 7.526 57 1 2 2.4 10.316 50.133 10.498 58 1 1 -1.2 10.597 53.582 11.128 59 1 2 2.4 8.108 53.957 8.698 60 1 1 -1.2 9.233 54.931 9.327 61 1 1 -1.2 9.872 51.127 11.67 62 1 1 -1.2 11.236 52.476 8.068 63 1 1 -1.2 11.722 50.62 9.869 64 1 2 2.4 10.153 52.588 12.299 65 1 1 -1.2 8.747 53.075 12.928 66 1 2 2.4 10.316 50.133 15.9 67 1 1 -1.2 10.597 53.582 16.53 68 1 2 2.4 8.108 53.957 14.1 69 1 1 -1.2 9.233 54.931 14.729 70 1 1 -1.2 9.872 51.127 17.072 71 1 1 -1.2 11.236 52.476 13.47 ............................................................................. SiO2的势函数为tersoff时，将势函数类型及参数变动如下： pair_style tersoff pair_coeff * * SiO.tersoff Si O 麻烦帮我看看是否正确，多谢！ |
9楼2015-09-17 09:58:33
chuntao118
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jane85562楼2015-07-18 08:39:15
3楼2015-07-18 09:46:36
声梦奇缘001
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4楼2015-07-18 12:57:12
