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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2
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jane8556

金虫 (正式写手)

[求助] 困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2 已有4人参与

大家好，这个问题困扰了我很长时间，请大家帮我看看是哪里的问题吧，多谢。
问题是这样的，我想模拟水溶液环境下纳米物质在SiO2表面的吸附。但是程序运行的时候总是丢失原子，而且我发现是SiO2变形较大，因而我首先判断是SiO2的问题。所以我将SiO2单独拿出来模拟。首先怀疑是两方面原因，一个是初始模型不合理，因而我试用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同时也将模型的大小做了一些调整，例如试用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一个是势函数不合理，因而我试用了BKS，tersoff及comb势，其中BKS也采用了table。但是结果仍然不合理。我将其中一组模拟结果黏贴在附件里，有两张图片，第一张是初始构型，第二张是运行50000步之后的结构。请大家帮忙，谢谢！图片直接上传不上去，给大家造成的麻烦请谅解
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1楼 2015-07-17 16:13:56
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jane8556

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by oxox6085 at 2015-07-20 19:02:39
建议你贴一下你的input文件，不然很难通过那两个图片看清楚原因。
SiO2的BKS和tersoff的势我都算过，没有出现你那种情况，应该是你哪里输入出错了...

您好，麻烦再帮我看看行吗？
我把input和data文件贴在下面：
dimension       3
boundary        p p p
units           metal
atom_style      full
read_data       data.deposition

# Buck potentials
pair_style hybrid buck/coul/long 11.0 lj/cut 12.0
kspace_style  pppm 1.0e-4
kspace_modify mesh 24 24 30 order 6
pair_coeff 1 1 buck/coul/long 1388.7730 0.3623 175.000
pair_coeff 1 2 buck/coul/long 18003.7572 0.2052  133.5381
pair_coeff 2 2 lj/cut 0.0 0.0

neighbor        2.0 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
velocity        all create 100.0 9999999 rot yes dist gaussian


fix 1 all nvt temp 100.0 100.0 0.01 drag 2.0

restart 50000 restart.*.zuizhong
timestep         0.00001

thermo_style custom step temp press etotal ke pe  
thermo                 100

dump            1 all custom 100 dump.deposition1 type x y z  
run             100000
#######################################
data file:
LAMMPS Atom File(deposition)

         6075 atoms
         0 bonds
         0 angles
            0 dihedrals
            0 impropers

        2 atom types
        0 bond types
        0 angle types
        0 dihedral types

    5.108 74.253  xlo xhi
     2.943 116.85  ylo yhi
     3.897 25.474  zlo zhi
-36.825 0.0 0.0 xy xz yz
Masses

      1     15.9994
      2     28.0900
      
Atoms

1        1        2        2.4        10.153        42.767        6.897
2        1        1        -1.2        8.747        43.254        7.526
3        1        2        2.4        10.316        40.312        10.498
4        1        1        -1.2        10.597        43.762        11.128
5        1        2        2.4        8.108        44.136        8.698
6        1        1        -1.2        9.233        45.11        9.327
7        1        1        -1.2        9.872        41.307        11.67
8        1        1        -1.2        11.236        42.656        8.068
9        1        1        -1.2        11.722        40.799        9.869
10        1        2        2.4        10.153        42.767        12.299
11        1        1        -1.2        8.747        43.254        12.928
12        1        2        2.4        10.316        40.312        15.9
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71        1        1        -1.2        11.236        52.476        13.47
.............................................................................
SiO2的势函数为tersoff时，将势函数类型及参数变动如下：
pair_style tersoff
pair_coeff * * SiO.tersoff Si O
麻烦帮我看看是否正确，多谢！
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9楼2015-09-17 09:58:33
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
jane8556: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:46:50
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧！个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的，模拟区域的大小只影响计算的模拟时间，怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上就讲不通，建议：不要意味的用软件，好好的把道理想明白。目的搞清楚。软件中的细节弄明白。一知半解自然错误多多。
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jane8556
2楼2015-07-18 08:39:15
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jane8556

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-07-18 08:39:15
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧！个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的，模拟区域的大小只影响计算的模拟时间，怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上 ...

谢谢你，你好专业，上面我可能没说清楚，刚开始是原子丢失，最后将盒子大小变大一点就不出现这个问题了，但是SiO2结构的变形非常大，所以我猜测是势函数的问题，你觉得呢？
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3楼2015-07-18 09:46:36
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
jane8556: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:47:10
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束（即施加一个简谐势能），因为你模拟的是在表面的吸附过程，只要表面是不受约束的即可
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
4楼2015-07-18 12:57:12
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