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jane8556

金虫 (正式写手)

[求助] 困扰很久的难题-结构变形严重-SiO2 已有4人参与

大家好，这个问题困扰了我很长时间，请大家帮我看看是哪里的问题吧，多谢。
问题是这样的，我想模拟水溶液环境下纳米物质在SiO2表面的吸附。但是程序运行的时候总是丢失原子，而且我发现是SiO2变形较大，因而我首先判断是SiO2的问题。所以我将SiO2单独拿出来模拟。首先怀疑是两方面原因，一个是初始模型不合理，因而我试用了MS中的alpha-quartz模型及VMD中的SiO2模型，同时也将模型的大小做了一些调整，例如试用了15*15*4,14*14*4及10*10*4大小的模型。另一个是势函数不合理，因而我试用了BKS，tersoff及comb势，其中BKS也采用了table。但是结果仍然不合理。我将其中一组模拟结果黏贴在附件里，有两张图片，第一张是初始构型，第二张是运行50000步之后的结构。请大家帮忙，谢谢！图片直接上传不上去，给大家造成的麻烦请谅解
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    • 2015-07-17 16:13:45, 688.83 K
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1楼 2015-07-17 16:13:56
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jane8556

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-07-18 08:39:15
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧！个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的，模拟区域的大小只影响计算的模拟时间，怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上 ...

谢谢你，你好专业，上面我可能没说清楚，刚开始是原子丢失，最后将盒子大小变大一点就不出现这个问题了，但是SiO2结构的变形非常大，所以我猜测是势函数的问题，你觉得呢？
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3楼2015-07-18 09:46:36
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jane8556: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:46:50
模拟原子丢失应该是边界条件处理的问题吧！个人认为和势函数以及模拟区域没有关系。因为在势函数的选取可以说别人给定的，模拟区域的大小只影响计算的模拟时间，怎么都不会影响到模拟体系的原子数目的变化的。道理上就讲不通，建议：不要意味的用软件，好好的把道理想明白。目的搞清楚。软件中的细节弄明白。一知半解自然错误多多。
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jane8556
2楼2015-07-18 08:39:15
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jane8556: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-17 09:47:10
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束（即施加一个简谐势能），因为你模拟的是在表面的吸附过程，只要表面是不受约束的即可
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
4楼2015-07-18 12:57:12
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jane8556

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-07-18 12:57:12
你可以在模拟的时候对SiO2施加一个约束（即施加一个简谐势能），因为你模拟的是在表面的吸附过程，只要表面是不受约束的即可

请问施加简谐势能就是对它的键长进行固定吗？
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5楼2015-07-19 20:46:30
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