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ct_kaoyan

金虫 (小有名气)

[求助] 找一个互变异构反应过渡态结构 已有1人参与

我现要要计算下面反应的过渡态,我分别用TS,QST2和QST3方法找过渡态。找到两种过渡态ts1和ts2,不不知道正确与否,ts1用gview查看负虚频震动方向是H原子在20号碳原子和21号氧原子之间震动,如下图ts1;ts2是用gview查看负虚频震动方向氢原子在20号碳原子和8号碳原子之间震动,如下图ts2。请问哪种正确?或者两种都不正确,正确的过渡态的氢原子是不是应该在碳8和氧21之间震动?请有经验的量化高手解答,非常感谢!!

找一个互变异构反应过渡态结构
反应.png


找一个互变异构反应过渡态结构-1
ts1.png


找一个互变异构反应过渡态结构-2
ts2.png
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
ct_kaoyan: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢你的答复! 2015-07-08 20:10:15
两个看起来都似乎是反应路径中的一环,所以可以试试以下几步:
1)如果ts1和ts2各自虚频都正常(有且仅有一负),可以各做irc,看看是不是ts1的反应物向和ts2的生成物向有结构一致。如果有,那就是中间态了。
2)如果irc找不到一致性,或者说很可能没有中间态,则ts1对/ts2对/ts1,2都不对。
3)假设ts1和ts2有一个正确,只要比较能量取高即可。
4)都不对也有可能?那就需要柔性扫描了,扫H和8号C的距离,或者扫H和O的距离,应该都可以。有条件也可以尝试二维柔性扫描。
16届本科在北美
3楼2015-07-05 00:17:57
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ct_kaoyan

金虫 (小有名气)

怎么没人呢?自己顶一下!
每天进步一点点!
2楼2015-07-03 21:18:58
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ct_kaoyan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by oinkmasta at 2015-07-05 00:17:57
两个看起来都似乎是反应路径中的一环,所以可以试试以下几步:
1)如果ts1和ts2各自虚频都正常(有且仅有一负),可以各做irc,看看是不是ts1的反应物向和ts2的生成物向有结构一致。如果有,那就是中间态了。
2) ...

首先谢谢你的回复。按照你的方法对两过渡态各做了irc,可是得不到ts1的反应物向和ts2的生成物,总是出错。我想可能是两个过渡态都不对,想尝试重新寻找。
每天进步一点点!
4楼2015-07-08 20:09:34
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by ct_kaoyan at 2015-07-08 07:09:34
首先谢谢你的回复。按照你的方法对两过渡态各做了irc,可是得不到ts1的反应物向和ts2的生成物,总是出错。我想可能是两个过渡态都不对,想尝试重新寻找。...

出错是指高斯不能完成irc?还是得到的构型不对?你算出的虚频还挺合理的,我猜不应该是后者呀。
如果是高斯报错,尝试把rcfc换成calcfc,重新计算force constants。我最近从ts虚频读到irc的时候也碰到过这个情况。

下面是我一般默认选取的irc命令,供参考用。步长和步数当然都可以调节。
# irc=(calcfc,stepsize=5,maxpoints=30)
16届本科在北美
5楼2015-07-08 21:15:26
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