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ct_kaoyan

金虫 (小有名气)

[求助] 找一个互变异构反应过渡态结构 已有1人参与

我现要要计算下面反应的过渡态，我分别用TS，QST2和QST3方法找过渡态。找到两种过渡态ts1和ts2，不不知道正确与否，ts1用gview查看负虚频震动方向是H原子在20号碳原子和21号氧原子之间震动，如下图ts1；ts2是用gview查看负虚频震动方向氢原子在20号碳原子和8号碳原子之间震动，如下图ts2。请问哪种正确？或者两种都不正确，正确的过渡态的氢原子是不是应该在碳8和氧21之间震动？请有经验的量化高手解答，非常感谢！！

找一个互变异构反应过渡态结构
反应.png


找一个互变异构反应过渡态结构-1
ts1.png


找一个互变异构反应过渡态结构-2
ts2.png
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每天进步一点点！
1楼 2015-07-03 20:40:39
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ct_kaoyan

金虫 (小有名气)
怎么没人呢？自己顶一下！
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每天进步一点点！
2楼2015-07-03 21:18:58
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ct_kaoyan: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢你的答复！ 2015-07-08 20:10:15
两个看起来都似乎是反应路径中的一环，所以可以试试以下几步：
1）如果ts1和ts2各自虚频都正常（有且仅有一负），可以各做irc，看看是不是ts1的反应物向和ts2的生成物向有结构一致。如果有，那就是中间态了。
2）如果irc找不到一致性，或者说很可能没有中间态，则ts1对／ts2对／ts1,2都不对。
3）假设ts1和ts2有一个正确，只要比较能量取高即可。
4）都不对也有可能？那就需要柔性扫描了，扫H和8号C的距离，或者扫H和O的距离，应该都可以。有条件也可以尝试二维柔性扫描。
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16届本科在北美
3楼2015-07-05 00:17:57
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ct_kaoyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by oinkmasta at 2015-07-05 00:17:57
两个看起来都似乎是反应路径中的一环，所以可以试试以下几步：
1）如果ts1和ts2各自虚频都正常（有且仅有一负），可以各做irc，看看是不是ts1的反应物向和ts2的生成物向有结构一致。如果有，那就是中间态了。
2） ...

首先谢谢你的回复。按照你的方法对两过渡态各做了irc,可是得不到ts1的反应物向和ts2的生成物，总是出错。我想可能是两个过渡态都不对，想尝试重新寻找。
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每天进步一点点！
4楼2015-07-08 20:09:34
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by ct_kaoyan at 2015-07-08 07:09:34
首先谢谢你的回复。按照你的方法对两过渡态各做了irc,可是得不到ts1的反应物向和ts2的生成物，总是出错。我想可能是两个过渡态都不对，想尝试重新寻找。...

出错是指高斯不能完成irc？还是得到的构型不对？你算出的虚频还挺合理的，我猜不应该是后者呀。
如果是高斯报错，尝试把rcfc换成calcfc，重新计算force constants。我最近从ts虚频读到irc的时候也碰到过这个情况。

下面是我一般默认选取的irc命令，供参考用。步长和步数当然都可以调节。
# irc=(calcfc,stepsize=5,maxpoints=30)
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16届本科在北美
5楼2015-07-08 21:15:26
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oinkmasta

金虫 (小有名气)
更正一下，上面我写的第三步不正确，它对应的是有中间态的情况。
没有中间态的时候比较ts1和ts2，应当看哪一个的irc能连接反应物和生成物。
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16届本科在北美
6楼2015-07-08 22:53:05
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ct_kaoyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by oinkmasta at 2015-07-08 21:15:26
出错是指高斯不能完成irc？还是得到的构型不对？你算出的虚频还挺合理的，我猜不应该是后者呀。
如果是高斯报错，尝试把rcfc换成calcfc，重新计算force constants。我最近从ts虚频读到irc的时候也碰到过这个情况。 ...

不好意识，这几天出差没有及时回复。出错是指不能完成IRC，会出现“Problem with the distance matrix.”，'l202.exe'错误或者出现“ The SCF is confused.”，l502.exe错误。我用的irc命令是“#p b3lyp/6-31g* irc=(maxpoints=50,rcfc,forward,internal) iop(2/16=1) iop(5/13=1)”，先正在尝试把rcfc换成calcfc，重新计算force constants。
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每天进步一点点！
7楼2015-07-13 20:35:54
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