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n_xiwang

木虫 (正式写手)

[求助] 为什么有些并非新拓扑的结构没有拓扑符号? 已有3人参与

刚算得一个结构的拓扑,结果如下:

Point symbol for net: {4^30.6^24.8^12}{4^3}4
3,12-c net with stoichiometry (3-c)4(12-c); 2-nodal net

Topological type: 3,12L4 (1D_2D.ttd) {4^30.6^24.8^12}{4^3}4 - VS [4(3).4(3).4(3)] [4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4(2).4(2).4(2).4(2).4(2).4(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).*.*.*.*.*.*.*.*.*.*.*.*] (78929 types in 11 databases)
Elapsed time: 5.44 sec.

该化合物是一个双节点(3,12)-c 的2D网络。这个为什么没有三个字母的拓扑符号?请问原因是什么?
注:在RCSR数据库中并没有搜到任何2D 双节点(3,12)-c的结构。

谢谢~
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zxwxiaowei

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
n_xiwang: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-07-01 09:27:27
首先你这配体还是金属的连接数是12是不是有点高啊,有没有可能是拓扑简化错误的原因;如果确定没有简化错误,那就是你搜的不全的原因,可以使用web of science搜一下试试。
像风一样自由
2楼2015-07-01 09:17:33
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n_xiwang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zxwxiaowei at 2015-07-01 09:17:33
首先你这配体还是金属的连接数是12是不是有点高啊,有没有可能是拓扑简化错误的原因;如果确定没有简化错误,那就是你搜的不全的原因,可以使用web of science搜一下试试。

我把配体和一个五核SBU分别简化为3和12连接的节点。拓扑计算的应该没有问题。

可以搜到(3,12)-连接的结构,但都是3D结构,没有搜到2D的,我的结构是一个二维结构。
活着,每一天都好好活着...
3楼2015-07-01 09:31:24
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zxwxiaowei

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by n_xiwang at 2015-07-01 09:31:24
我把配体和一个五核SBU分别简化为3和12连接的节点。拓扑计算的应该没有问题。

可以搜到(3,12)-连接的结构,但都是3D结构,没有搜到2D的,我的结构是一个二维结构。...

你可以先看一下他们3D的结构是怎么分析和描述的,然后参考一下,这么高的连接数,二维的结构我也不太清楚说实话
像风一样自由
4楼2015-07-01 09:37:40
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n_xiwang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zxwxiaowei at 2015-07-01 09:37:40
你可以先看一下他们3D的结构是怎么分析和描述的,然后参考一下,这么高的连接数,二维的结构我也不太清楚说实话...

谢谢您的回复~
拓扑简化,计算都没有问题,我只是奇怪为什么没有提示该结构是新拓扑,但没有给出拓扑简化的名字,以及在RCSR数据库里搜 双节点 (3,12)-c 没有任何结果。
活着,每一天都好好活着...
5楼2015-07-01 09:57:48
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SuperBirds

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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n_xiwang: 金币+10 2015-07-02 10:15:52
会不会是你的TTD,TTO,TTL数据库不全造成的。
好久不见
6楼2015-07-01 20:34:37
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n_xiwang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by SuperBirds at 2015-07-01 20:34:37
会不会是你的TTD,TTO,TTL数据库不全造成的。

数据库确实不全,请问你有没有较全的数据库,能否发给我一份。谢谢~
活着,每一天都好好活着...
7楼2015-07-02 10:15:42
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n_xiwang

木虫 (正式写手)

我用了最新版的topospro 数据库更不全了
直接提示新TOPO

Point symbol for net: {4^30.6^24.8^12}{4^3}4
3,12-c net with stoichiometry (3-c)4(12-c); 2-nodal net

New topology, please, contact the authors (16813 types in 3 databases)
Elapsed time: 3.00 sec.

哪位大神能发一份较全的TOPO数据库,谢谢了~
活着,每一天都好好活着...
8楼2015-07-02 10:24:34
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木瓜少爷

至尊木虫 (文坛精英)

魔导师

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
n_xiwang: 金币+10 2015-07-03 08:45:33
3,12L4 ,这个就是拓扑的名字,不是所有的拓扑符号都是三位的吧
9楼2015-07-02 10:47:37
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SuperBirds

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
n_xiwang: 金币+10, ★★★很有帮助, 我的是14年1月的,能不能发一下您的数据库,有重金酬谢~ 2015-07-03 09:08:28
引用回帖:
7楼: Originally posted by n_xiwang at 2015-07-02 10:15:42
数据库确实不全,请问你有没有较全的数据库,能否发给我一份。谢谢~...

我用的数据库好像是到14年8月的,好像也不是很全。个人觉得一次简化不行,就在简化的基础上再简化一次,一定能找到现有的拓扑符合,个人看法。
好久不见
10楼2015-07-02 16:42:48
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