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请问哪位大神会用R软件计算微生物多样性指数？已有1人参与
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请问哪位大神会用R软件计算微生物多样性指数？我的一些高通量实验数据想做一些特殊的分析，为此需要学习一下用R软件计算微生物多样性指数， 请会做的大神把详细的过程写给我好吗？非常感谢！ |
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 高通量测序 |
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【答案】应助回帖
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otu=read.table("otu.txt",header=T) otu=otu.matrix(otu) #将数据类型转化为矩阵 Shannon.Wiener <- diversity(otu,index="shannon"  #计算香农指数Simpson <- diversity(otu,index="simpson" Inverse.Simpson <- diversity(otu,index="inv" S <- specnumber(otu) #计算物种累计数 plot(S) J <- Shannon.Wiener/log(S) #计算Pielou均匀度指数 J |
3楼2015-07-06 09:56:13
【答案】应助回帖
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library(vegan) otu=read.table("otu.txt",header=T) otu=otu.matrix(otu)#将数据类型转化为矩阵 Shannon.Wiener <- diversity(otu,index="shannon" #计算香农指数Simpson <- diversity(otu,index="simpson" Inverse.Simpson <- diversity(otu,index="inv" S <- specnumber(otu)#计算物种累计数 plot(S) J <- Shannon.Wiener/log(S) #计算Pielou均匀度指数 J |
2楼2015-07-06 09:54:17
4楼2015-07-06 09:57:14
tanglianfa
金虫 (著名写手)
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5楼2021-05-15 11:22:42