| 查看: 1371 | 回复: 4 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
请问哪位大神会用R软件计算微生物多样性指数？ 已有1人参与
|
|||
|
请问哪位大神会用R软件计算微生物多样性指数？我的一些高通量实验数据想做一些特殊的分析，为此需要学习一下用R软件计算微生物多样性指数， 请会做的大神把详细的过程写给我好吗？非常感谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高通量测序 |
» 猜你喜欢
求调剂
已经有3人回复
-
085801电气专硕272求调剂
已经有4人回复
-
考研英一数一338分
已经有3人回复
-
一志愿085502，267分求调剂
已经有16人回复
-
366求调剂
已经有9人回复
-
材料工程085601，270求调剂
已经有37人回复
-
279学硕食品专业求调剂院校
已经有18人回复
-
290调剂生物0860
已经有31人回复
-
一志愿085802 323分求调剂
已经有13人回复
-
277求调剂
已经有23人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 多样性指数表征的是什么？
已经有3人回复
- 做土壤微生物样品的16s rDNA pcr 为什么会出现两条带？？引物27f 1492r
已经有5人回复
- 请教T-RFLP的数据分析方法？
已经有25人回复
- 求教生物多样性分析中稀有度曲线的详细做法及软件，谢谢！
已经有5人回复
- 请教微生物群落多样性指数分析
已经有3人回复
- 细菌引物 338F 518R 做DGGE之后 pcr
已经有9人回复
- PCR-DGGE的引物设计
已经有5人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
【答案】应助回帖
|
otu=read.table("otu.txt",header=T) otu=otu.matrix(otu) #将数据类型转化为矩阵 Shannon.Wiener <- diversity(otu,index="shannon"  #计算香农指数Simpson <- diversity(otu,index="simpson" Inverse.Simpson <- diversity(otu,index="inv" S <- specnumber(otu) #计算物种累计数 plot(S) J <- Shannon.Wiener/log(S) #计算Pielou均匀度指数 J |
3楼2015-07-06 09:56:13
【答案】应助回帖
|
library(vegan) otu=read.table("otu.txt",header=T) otu=otu.matrix(otu)#将数据类型转化为矩阵 Shannon.Wiener <- diversity(otu,index="shannon" #计算香农指数Simpson <- diversity(otu,index="simpson" Inverse.Simpson <- diversity(otu,index="inv" S <- specnumber(otu)#计算物种累计数 plot(S) J <- Shannon.Wiener/log(S) #计算Pielou均匀度指数 J |
2楼2015-07-06 09:54:17
4楼2015-07-06 09:57:14
tanglianfa
金虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2372
- 散金: 1380
- 红花: 2
- 沙发: 1
- 帖子: 1317
- 在线: 107.1小时
- 虫号: 14961324
- 注册: 2019-04-26
- 性别: GG
- 专业: 环境工程
5楼2021-05-15 11:22:42
20