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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 请问哪位大神会用R软件计算微生物多样性指数？
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悠悠飘杨

新虫 (小有名气)

[求助] 请问哪位大神会用R软件计算微生物多样性指数？ 已有1人参与

请问哪位大神会用R软件计算微生物多样性指数？我的一些高通量实验数据想做一些特殊的分析，为此需要学习一下用R软件计算微生物多样性指数，
请会做的大神把详细的过程写给我好吗？非常感谢！
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1楼 2015-06-19 10:43:59
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yanjinjg

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

library(vegan)
otu=read.table("otu.txt",header=T)
otu=otu.matrix(otu)#将数据类型转化为矩阵
Shannon.Wiener <- diversity(otu,index="shannon"#计算香农指数
Simpson <- diversity(otu,index="simpson"
Inverse.Simpson <- diversity(otu,index="inv"
S <- specnumber(otu)#计算物种累计数
plot(S)
J <- Shannon.Wiener/log(S) #计算Pielou均匀度指数
J
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2楼2015-07-06 09:54:17
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yanjinjg

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

otu=read.table("otu.txt",header=T)
otu=otu.matrix(otu) #将数据类型转化为矩阵
Shannon.Wiener <- diversity(otu,index="shannon" #计算香农指数
Simpson <- diversity(otu,index="simpson"
Inverse.Simpson <- diversity(otu,index="inv"
S <- specnumber(otu)  #计算物种累计数
plot(S)
J <- Shannon.Wiener/log(S)   #计算Pielou均匀度指数
J
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3楼2015-07-06 09:56:13
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yanjinjg

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
悠悠飘杨: 金币+7, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2015-07-07 08:25:51
不知道怎么回事，半括号发上去成笑脸了，你在跑R程序时候自动补全吧
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4楼2015-07-06 09:57:14
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tanglianfa

金虫 (著名写手)
同求，找到的有不少差距
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5楼2021-05-15 11:22:42
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