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jsycmj

铜虫 (正式写手)

[求助] 关于高通量数据 标准化 什么意思 已有2人参与

截图 中的 11240  以及 15290 是怎么得到的数据 希望大神帮忙解答 万分感谢

关于高通量数据 标准化 什么意思
1.jpg


关于高通量数据 标准化 什么意思-1
2.jpg
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1楼 2015-06-04 19:37:19
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liuchi0426

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jsycmj: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-06-08 14:50:08
重抽样，全部抽到相同的序列数，以避免序列数不同引起的群落alpha多样性差异
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Iamthebest!
2楼2015-06-04 23:04:05
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jsycmj

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuchi0426 at 2015-06-04 23:04:05
重抽样，全部抽到相同的序列数，以避免序列数不同引起的群落alpha多样性差异

那我应该怎么获得呢？测序的结果报告里我并没有找到这一项

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2015-06-05 07:52:21
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liuchi0426

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jsycmj at 2015-06-05 07:52:21
那我应该怎么获得呢？测序的结果报告里我并没有找到这一项
...

一般在去完嵌合体后进行重抽样，然后再聚类。如果不想重新做的话，可以对OTU表进行抽样，获取相等的序列数，不过很少有人这么做
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Iamthebest!
4楼2015-06-05 12:36:56
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qqray

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jsycmj: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-06-08 14:49:55
测序公司应该知道怎么处理，按你样品里OTU数量最小的那个样品数进行均一化分析，如果自己做，MOTHUR里用subsample限定样本量大小
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5楼2015-06-05 16:30:52
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