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discovery studio2.5做同源建模和分子对接 ，金币不多求帮帮忙
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做的胰蛋白酶抑制剂的同源建模和分子对接。在ds上做了以下步骤。对同源建模初始结构优化的时候出现了问题，用的standard dynamics cascade。后面后面三项时间设置都是5ps。结构优化后反而分数变低了。也分步骤做了standard dynamics cascade。平衡得出结果还好，最后一步production结构又变差了。还有最优构想是选择最后一个吗？分子对接部分，已经从pdb数据库上得到了胰蛋白酶，该用什么方法进行对接？金币不多求帮帮忙 Image 1.png  Image 2.png  Image 3.png |
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2楼2016-01-29 15:44:19