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茶味果冻

新虫 (小有名气)

[求助] 关于径向分布函数的分析

如图05、06是计算得到的两个径向分布函数图,怎么有好多峰,该怎么解释分析,还有最后为什么不是区域一个定值,如果是趋于一个定值,可以说明什么。下面是从其它帖子里贴出来的所以就不要再讲其它的基本知识,最好针对这个图说一下吧,谢谢了!


径向分布函数rdf是从一个原子出发, x轴表示离开这个原子的距离,y轴表示在某个距离上出现原子的个数或者可能性。

极端的情况是气体和理想晶体:

1. 如果是气体的话,RDF是一条水平的直线,因为气体分子或者原子是无序分布的,从某个原子出发,任何一个距离上都可能有原子。所以各个位置是等价的。

2. 如果是理想晶体,原子是彻底有序分布的,每个原子的位置是固定的。好比理想的BCC: 从某一个原子出发,到最近的相邻原子的最小距离是 sqrt(2)/2 *a。 以初始原子为球心,画一个半径为 sqrt(2)/2 *a的球,这个球
内部除了初始原子没有任何原子,所以在rdf的X轴 0 < r < sqrt(2)/2 *a 距离内 y 等于 0, 而球面上有8个原子,因为配位数等于8, 所以在x=sqrt(2)/2 *a的位置上y 等于 8,一条和x轴垂直的线段高度等于8。 到了第二相邻原子的位置,对bcc来说距离是 a/2,一共6个原子, 那么在 x=a/2 的地方一条于x轴垂直的线段高度等于6,而在
sqrt(2)/2 *a < r < a/2 的距离内没有原子 y=0 , 以此类推,第三第四 ...

那么为什么你测出的是峰不是某一点和x垂直的线段呢,因为你有温度,原子在活动,你测量的那个点原子可能刚好偏离平衡位置, 对bcc来说,第一相邻原子不会刚好在 sqrt(2)/2 *a 的位置,由于热运动稍微有点偏离,所以峰值会降低,宽度会变大,出现了峰的形状, 随着你温度的升高,原子热运动越来越厉害,离开平衡位置越来越远,峰高度会越来越小,峰会越来越宽, 液化了以后变成短程有序,很小的峰高,很宽的峰, 气化了以后完全无序了,就变成类似水平的直线。

关于径向分布函数的分析
05.jpg


关于径向分布函数的分析-1
06.jpg
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zsjan

金虫 (正式写手)

为什么在距离大时候没有趋于1呢?
2楼2015-05-28 09:01:28
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茶味果冻

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zsjan at 2015-05-28 09:01:28
为什么在距离大时候没有趋于1呢?

是啊 我也疑惑 不过文献里计算得到的也没趋于1 但是是基本趋于一个定值0.9,是不是我算错了。
3楼2015-05-28 09:05:07
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chuntao118

新虫 (著名写手)

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茶味果冻(abinitio代发): 金币+50, 感谢精彩应助!应楼主要求,奖励金币 2015-05-28 16:02:42
其实,按照书本上讲解的,对于粒子体系中的径向分布函数在某一距离之后总是要趋近于一的,但是在计算时,也发现对于有的体系,确实不收敛于一,这里面可能有两个原因:1、在计算时,前置因子 没有处理好,简单来说就是在统计时,多计算了配对数,而在最后没有考虑多余的统计所致。2、就是你的模拟体系是极端不均匀的,或者势函数中的耗散力偏大,如DPD中经常现这种情况。峰值偏多,是能说明你的体系的各向异性明显占优。
4楼2015-05-28 10:05:19
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茶味果冻

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-28 10:05:19
其实,按照书本上讲解的,对于粒子体系中的径向分布函数在某一距离之后总是要趋近于一的,但是在计算时,也发现对于有的体系,确实不收敛于一,这里面可能有两个原因:1、在计算时,前置因子 没有处理好,简单来说就 ...

好的 第二点应该是靠谱的,文献中结果也是体系是各向异性的,MD之后由于受到表面的作用,体系也进行了重新分布,这样解释应该是比较靠谱的,受教了。另外是不是看距离的话就看第一个和第二个高峰就可以了?谢了
5楼2015-05-28 10:20:38
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chuntao118

新虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 茶味果冻 at 2015-05-28 10:20:38
好的 第二点应该是靠谱的,文献中结果也是体系是各向异性的,MD之后由于受到表面的作用,体系也进行了重新分布,这样解释应该是比较靠谱的,受教了。另外是不是看距离的话就看第一个和第二个高峰就可以了?谢了...

呵呵,惨愧!分析径向分布函数一般关注的是X轴的截距的意义:最短作用距离,或者是粒子的直径,第一峰值要解释,谷底的位置好像也有其物理意义,至于其他的位置见到的解释不太多。关键是你要想解释好RDF不能只看别人怎么说,还要真正的理解你所研究的体系,看看体系本身具有什么特性,然后我们模拟的数据都是这些本质特征的一个表像。个人认为:深刻理解模拟体系的本身有助于解释好这些模拟数据。
6楼2015-05-28 14:23:36
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茶味果冻

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-28 14:23:36
呵呵,惨愧!分析径向分布函数一般关注的是X轴的截距的意义:最短作用距离,或者是粒子的直径,第一峰值要解释,谷底的位置好像也有其物理意义,至于其他的位置见到的解释不太多。关键是你要想解释好RDF不能只看别 ...

好的,万分感谢
7楼2015-05-28 15:22:32
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没落的华丽

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-28 14:23:36
呵呵,惨愧!分析径向分布函数一般关注的是X轴的截距的意义:最短作用距离,或者是粒子的直径,第一峰值要解释,谷底的位置好像也有其物理意义,至于其他的位置见到的解释不太多。关键是你要想解释好RDF不能只看别 ...

您好,我用lammps计算rdf,但是x轴一直被限制在1nm,请问怎么扩大x轴的范围,有虫友说的力场文件里的cutoff限制,请问您了解吗
8楼2015-10-07 17:04:29
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chuntao118

新虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 没落的华丽 at 2015-10-07 17:04:29
您好,我用lammps计算rdf,但是x轴一直被限制在1nm,请问怎么扩大x轴的范围,有虫友说的力场文件里的cutoff限制,请问您了解吗...

抱歉,我不了解这个软件,没用过。按你说的意思应该是在初始条件中调整X轴方向的区域宽度吧?
9楼2015-10-08 18:31:04
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S-Loser

新虫 (正式写手)

还是抱着希望的问一句,楼主我和你得到了一样形状的径向分布曲线,我感觉怪怪的,请问你分析清楚了吗

发自小木虫Android客户端
10楼2019-06-14 17:03:00
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